Nach dem Tod ihres Vaters, des Kaisers Huayna Capac, und ihres älteren Bruders Ninan Cuyochi, der der Erbe gewesen war, wurde das Reich zwischen den beiden überlebenden Brüdern Huáscar und Atahualpa aufgeteilt. Huascar bekam den größten Teil davon mit der Hauptstadt Cusco und Atahualpa die nördlichen Teile, einschließlich Quito (jetzt die Hauptstadt von Ecuador). Für ein paar Jahre regierten die beiden Brüder ohne Probleme. Aber Huascar verlangte, dass Atahuallpa ihm einen Eid schwört. Atahuallpa lehnte ab und der Bürgerkrieg begann.,
Kaiser Atahuallpa während der Schlacht von Cajamarca
Die letzte Schlacht fand in Quipaipan statt, wo Huascar gefangen genommen wurde. Atahuallpa ruhte in der Stadt Cajamarca in den Anden mit seiner Armee von 80.000 Truppen auf dem Weg nach Süden und Cusco, um seinen Thron zu beanspruchen.
Zu diesem Zeitpunkt hatte der spanische Konquistador Francisco Pizarro die Stadt Piura gegründet, die erste spanische Siedlung in Peru im Juli 1532., Nach zwei Monaten auf dem Marsch war Pizarro mit nur 168 Männern unter seinem Kommando in Cajamarca angekommen und schickte Hernando de Soto, Bruder Vicente de Valverde und den einheimischen Dolmetscher Felipillo, um mit Atahuallpa über die spanische Präsenz zu sprechen.
Die spanischen Gesandten kehrten nach Pizarro zurück, der in der Schlacht von Cajamarca am 16.
Nach spanischem Recht erklärten die Spanier dem Inka-Volk offiziell den Krieg., Als Atahuallpa den Priester Valverde kalt fragte, mit welcher Autorität er und sein Volk solche Dinge sagen könnten, bot Valverde ihm eine Bibel an und sagte, dass die Autorität von den Worten darin komme. Er untersuchte es und fragte dann, warum es nicht mit ihm sprach. Er warf es dann zu Boden. Das gab den Spaniern die Entschuldigung, die sie brauchten, um den Inkas Krieg zu führen. Sie eröffneten das Feuer und im Laufe von 2 Stunden wurden mehr als zweitausend Inka-Soldaten getötet. Die Spanier dann inhaftiert Atahuallpa im Tempel der Sonne.,
Spanier, die Tupac Amaru 1572 ausführten, Zeichnung von Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa konnte immer noch nicht glauben, dass der Spanier beabsichtigte, die Kontrolle über sein Königreich zu übernehmen. Er dachte, wenn er ihnen das Gold und Silber gab, das sie suchten, würden sie gehen. Im Gegenzug für seine Freilassung stimmte er zu, einen großen Raum mit Gold zu füllen und versprach den Spaniern das Doppelte dieses Betrags in Silber., Obwohl er von dem Angebot fassungslos war, hatte Pizarro nicht die Absicht, die Inka freizulassen, weil er den Einfluss des Herrschers auf die Ureinwohner brauchte, um die Ordnung im umliegenden Land aufrechtzuerhalten.
Aber dann beschloss Pizarro, ihn hinrichten zu lassen, weil er befürchtete, von einem Inka-General befreit zu werden. Pizarro inszenierte einen Scheinprozess und befand Atahuallpa für schuldig, gegen die Spanier rebelliert und Huáscar, seinen eigenen Bruder, ermordet zu haben. Atahuallpa wurde durch Verbrennung zur Hinrichtung verurteilt., Er war entsetzt, da die Inka glaubten, dass die Seele nicht ins Jenseits gehen könne, wenn der Körper verbrannt würde. Bruder Vicente de Valverde, der Atahuallpa zuvor die Bibel angeboten hatte, intervenierte erneut und sagte Atahuallpa, dass er den Rest davon überzeugen würde, das Urteil umzuwandeln, wenn er zustimmte, zum Christentum zu konvertieren. Atahualpa stimmte zu, in den christlichen Glauben getauft zu werden. Er erhielt den Namen Juan Santos Atahualpa und wurde dann mit einer Garrote erwürgt, anstatt verbrannt zu werden. Atahuallpa starb am 29.,Atahuallpa wurde von seinem Bruder, der Marionette Inca Tupac Huallpa, und später von einem anderen Bruder Manco Inca Yupanqui abgelöst.