Na smrti svého otce, vládce Huayna Capac, a jejich starší bratr, Ninan Cuyochi, který byl dědicem, říše byla rozdělena mezi dva přeživší bratři, Huáscar a Atahualpa. Huascar získal hlavní část s hlavním městem Cusco a Atahualpa severní části, včetně Quito (nyní Hlavní město Ekvádoru). Několik let vládli oba bratři bez problémů. Ale Huascar požadoval, aby mu Atahuallpa přísahal. Atahuallpa odmítl a začala občanská válka.,
Císař Atahuallpa během Bitvy o Cajamarca
poslední bitva se odehrála na Quipaipan, kde Huascar byl zajat. Atahuallpa odpočíval ve městě Cajamarca v Andách se svou armádou 80 000 vojáků na cestě na jih a Cusco, aby si nárokoval svůj trůn.
do této doby španělský conquistador Francisco Pizarro založil město Piura, první španělské osídlení v Peru v červenci 1532., Po dvou měsících březnu, Pizarro dorazil v Cajamarca s jen 168 mužů pod jeho velením a poslal Hernando de Soto, mnich Vicente de Valverde a nativní tlumočník Felipillo mluvit s Atahuallpa o španělské přítomnosti.
španělští vyslanci se vrátili do Pizarra, který připravil překvapivý útok proti armádě Atahuallpy v bitvě u Cajamarcy 16.listopadu 1532.
podle španělského práva Španělé oficiálně vyhlásili válku lidem Inků., Když Atahuallpa chladně zeptal se kněz Valverde tím, co úřad on a jeho lidé mohli říkat takové věci, Valverde mu nabídl Bible, říká, že úřad přišel od slova. Prozkoumal to a pak se zeptal, proč s ním nemluvil. Pak ho hodil na zem. To Španělům dalo výmluvu, kterou potřebovali k tomu, aby vedli válku s inky. Zahájili palbu a během 2 hodin bylo zabito více než dva tisíce vojáků Inků. Španělé pak uvěznili Atahuallpu v chrámu Slunce.,
Španělé vykonávající Tupac Amaru v roce 1572, kresba Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa stále nemohl uvěřit, že španělští zamýšlel převzít kontrolu nad jeho království. Myslel si, že když jim dá zlato a stříbro, které hledali, odejdou. Výměnou za jeho propuštění souhlasil s tím, že zaplní velkou místnost zlatem a slíbil Španělům dvojnásobnou částku ve stříbře., Ačkoli on byl ohromen nabídka, Pizarro neměl v úmyslu uvolnění Inca, protože potřeboval pravítko vliv domorodých lidí, udržovat pořádek v okolí země.
ale pak se Pizarro rozhodl nechat ho popravit, protože se bál, že by ho mohl osvobodit generál Inků. Pizarro zinscenoval falešný proces a shledal Atahuallpu vinným z vzpoury proti Španělům a vraždy Huáscara, jeho vlastního bratra. Atahuallpa byl odsouzen k popravě spálením., Byl zděšen, protože Inkové věřili, že duše nebude schopna pokračovat v posmrtném životě, pokud bude tělo spáleno. Mnich Vicente de Valverde, který měl dříve nabídl, že Bible Atahuallpa, zasáhl znovu, říká Atahuallpa, že pokud on souhlasil, že konvertovat ke Křesťanství, měl by se přesvědčit ostatní, aby trest. Atahualpa souhlasil, že bude pokřtěn do křesťanské víry. Dostal jméno Juan Santos Atahualpa a pak byl uškrcen garotou, místo upálení. Atahuallpa zemřel 29. srpna 1533.,Atahuallpa byl následován jeho bratrem, loutkou Inca Tupac Huallpa, a později dalším bratrem Manco Inca Yupanqui.
