Roli v ochraně a zachování
již v roce 1876, Muir vyzval federální vládu, aby přijala ochranu lesů politiky. On se stal ústřední postavou v diskusi nad využitím půdy, obhajovat jménem půdy, zachování především prostřednictvím článků publikovaných v populárních časopisech, jako je Atlantic Monthly, Století, Časopis, a Harper ‚s New Monthly Magazine (dnes Harper‘ s Magazine). Ačkoli zpočátku najít společnou řeč v myšlenkách na ochranu lesů předložených Gifford Pinchot, průkopník USA., lesnictví a ochrana, Muirovy názory se nakonec rozcházely. Vzhledem k tomu, že Pinchot podporovány udržitelné využívání zdrojů v rámci národních lesů, Muir věřil, že národní parky a lesy by měly být zachovány v plném rozsahu, což znamená, že jejich zdroje měly být poskytovány off-limity pro průmyslové zájmy. I když Sequoia a Yosemite národní parky byly založeny v roce 1890, což představuje vítězství pro ochranu životního prostředí, debata mezi Pinchot je utilitární přístup k lesnictví a Muir je preservationist přístup byl daleko od konce.,
28. května 1892 založil Muir Sierra Club, organizaci věnovanou ochraně životního prostředí. Působil jako první prezident, funkci zastával až do své smrti v roce 1914. Sierra Club Bulletin, publikace pro členy organizace, za předpokladu, životně důležitý odbytiště pro Muir, což mu umožňuje prostřednictvím jeho psaní zvýšit povědomí o otázkách životního prostředí.
Encyclopædia Britannica, Inc.
začátkem roku 1897 americký prezident Grover Cleveland určil 13 národních lesů, které mají být zachovány před komerčním vykořisťováním. Obchodní zájmy však přiměly Kongres odložit účinek tohoto opatření., Muirovy spisy se nakonec ukázaly jako vlivné v houpání veřejného mínění i v kongresu ve prospěch národních lesních rezervací. Muir ovlivnil rozsáhlý program ochrany, který inicioval prezident Theodore Roosevelt, který v roce 1903 doprovázel Muira na výlet do oblasti Yosemite. V roce 1908 zřídila vláda Muir Woods Národní Památník v Marin county, v Kalifornii a v roce 1964 je určený svého domova v Martinez, Kalifornie, jako national historic site., Muirova práce byla také vlivná při založení Národního parku Mount Rainier (1899) ve státě Washington a národního parku Grand Canyon (1919) v Arizoně.
