Batalla de Manassas
en julio de 1861 comenzó la invasión de Virginia por tropas del ejército Federal, y la brigada de Jackson se trasladó con otros del ejército de Johnston para unirse con el General P. G. T. Beauregard en el campo de Bull Run a tiempo para enfrentar el avance del Ejército Federal del General Irvin McDowell. Fue aquí donde colocó a su brigada en una línea Fuerte, reteniendo al enemigo contra probabilidades abrumadoras y ganando el sobrenombre de «Stonewall»., La primavera de 1862 encontró a Jackson de nuevo en el Valle de Shenandoah, donde sus tácticas de distracción impidieron que se enviaran refuerzos al general del Ejército Federal George B. McClellan, que estaba librando la campaña peninsular contra Richmond, la capital Confederada. La estrategia de Jackson posiblemente representó la victoria de Lee más tarde en las batallas de los siete días. Lee, entonces asesor militar principal del presidente confederado Jefferson Davis, sugirió a Jackson que usara sus tropas para atacar a las tropas federales en el valle y así amenazar a Washington., Por un movimiento rápido, Jackson cerró por separado con varias unidades federales y las derrotó. En abril golpeó en las montañas del Oeste de Virginia; luego el 24 y 25 de mayo se volvió contra el General Nathaniel P. Banks y lo expulsó de Winchester y regresó al río Potomac.
luego rápidamente dirigió su atención al extremo sur del Valle, derrotando a los federales en Cross Keys, Virginia, el 8 de junio, y en Port Republic al día siguiente. Lee luego llevó a las tropas de Jackson por carretera y ferrocarril a Richmond para envolver el ala derecha del ejército de McClellan., Pero Jackson llegó un día tarde, y su reputación perdió parte de su brillo, posiblemente debido a su falta de experiencia en acción a gran escala; sin embargo, McClellan fue derrotado y se le ordenó evacuar la península.
Lee inmediatamente se unió a Jackson contra las fuerzas federales reagrupándose bajo el General John Pope. Envió a Jackson, por un amplio movimiento de cerco, para atacar la retaguardia de las fuerzas de Pope y llevar a cabo la Segunda Batalla de Bull Run, en la que Pope fue golpeado profundamente. Lee luego cruzó el Potomac para la «liberación» de Maryland., Para proteger Richmond, Lee separó a Jackson para capturar Harpers Ferry, lo que hizo a tiempo (del 13 al 15 de septiembre) para reunirse con Lee en Antietam. Después de su regreso a Virginia, Lee dividió su ejército en dos cuerpos, El General James Longstreet al mando del primero y Jackson, ahora teniente general, el segundo. En Fredericksburg, Virginia, En diciembre, Jackson estaba al mando de la derecha Confederada cuando el ataque precipitado del general Federal Ambrose E. Burnside fue fácilmente repelido y fue aplastantemente derrotado.,
en abril, El General Joseph Hooker, sucesor de Burnside, intentó cambiar la posición Confederada en el río Rappahannock, al sur de Washington. Allí el equipo aparentemente invencible de Lee y Jackson hizo su movimiento más audaz. Dejando un pequeño destacamento para cumplir con las tropas federales en el Rappahannock, Lee movió su cuerpo principal, incluyendo el cuerpo de Jackson, para cumplir con el envolvimiento amenazado de Hooker en los bosques de Chancellorsville., Luego dividió su ejército de nuevo, manteniendo sólo 10.000 hombres para manifestarse contra el frente de Hooker, y envió a Jackson a moverse en secreto por la derecha de Hooker con todo su cuerpo.