Alla morte del padre, l’imperatore Huayna Capac, e il loro fratello maggiore, Ninan Cuyochi, che era stato l’erede, l’impero fu diviso tra i due fratelli sopravvissuti, Huáscar e Atahualpa. Huascar ha ottenuto la maggior parte di esso con la capitale Cusco, e Atahualpa le parti settentrionali, tra cui Quito (ora la capitale dell’Ecuador). Per un paio d’anni, i due fratelli regnarono senza problemi. Ma Huascar chiese ad Atahuallpa di giurargli un giuramento. Atahuallpa rifiutò e iniziò la guerra civile.,
Imperatore Atahuallpa durante la battaglia di Cajamarca
La battaglia finale ebbe luogo a Quipaipan, dove Huascar fu catturato. Atahuallpa stava riposando nella città di Cajamarca sulle Ande con il suo esercito di 80.000 soldati sulla sua strada verso sud e Cusco per rivendicare il suo trono.
A questo punto il conquistador spagnolo Francisco Pizarro aveva fondato la città di Piura, il primo insediamento spagnolo in Perù nel luglio del 1532., Dopo due mesi di marcia, Pizarro era arrivato a Cajamarca con soli 168 uomini sotto il suo comando e mandò Hernando de Soto, fra Vicente de Valverde e l’interprete nativo Felipillo a parlare con Atahuallpa della presenza spagnola.
Gli inviati spagnoli tornarono da Pizarro, che preparò un attacco a sorpresa contro l’esercito di Atahuallpa in quella che divenne la battaglia di Cajamarca il 16 novembre 1532.
Secondo la legge spagnola gli spagnoli dichiararono ufficialmente guerra al popolo Inca., Quando Atahuallpa chiese freddamente al sacerdote Valverde con quale autorità lui e il suo popolo potessero dire queste cose, Valverde gli offrì una Bibbia, dicendo che l’autorità proveniva dalle parole in essa contenute. Lo esaminò e poi chiese perché non gli parlava. Poi lo gettò a terra. Questo diede agli spagnoli la scusa di cui avevano bisogno per fare guerra agli Inca. Hanno aperto il fuoco e nel corso di 2 ore sono stati uccisi più di duemila soldati Inca. Gli spagnoli poi imprigionarono Atahuallpa nel Tempio del Sole.,
Gli spagnoli giustiziarono Tupac Amaru nel 1572, su disegno di Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa ancora non poteva credere che gli spagnoli intendessero prendere il controllo del suo regno. Pensava che se avesse dato loro l’oro e l’argento che cercavano se ne sarebbero andati. In cambio della sua liberazione, accettò di riempire una grande stanza d’oro e promise agli spagnoli il doppio di quella quantità in argento., Sebbene fosse sbalordito dall’offerta, Pizarro non aveva alcuna intenzione di liberare l’Inca perché aveva bisogno dell’influenza del sovrano sui nativi per mantenere l’ordine nel paese circostante.
Ma poi Pizarro decise di farlo giustiziare perché temeva di poter essere liberato da un generale Inca. Pizarro organizzò un finto processo e trovò Atahuallpa colpevole di essersi rivoltato contro gli spagnoli e di aver ucciso Huáscar, suo fratello. Atahuallpa fu condannato all’esecuzione bruciando., Era inorridito, dal momento che l’Inca credeva che l’anima non sarebbe stata in grado di andare nell’aldilà se il corpo fosse stato bruciato. Fra Vicente de Valverde, che in precedenza aveva offerto la Bibbia ad Atahuallpa, intervenne di nuovo, dicendo ad Atahuallpa che se avesse accettato di convertirsi al cristianesimo avrebbe convinto gli altri a commutare la sentenza. Atahualpa accettò di essere battezzato nella fede cristiana. Gli fu dato il nome di Juan Santos Atahualpa e poi fu strangolato con una garrota invece di essere bruciato. Atahuallpa morì il 29 agosto 1533.,Atahuallpa fu succeduto da suo fratello, il burattino Inca Tupac Huallpa, e più tardi da un altro fratello Manco Inca Yupanqui.