Welcome to Our Website

Sporing rekombinant storfe somatotropin ab(bruk) gjennom transcriptomics: potensialet av storfe somatiske celler i en multi-dose longitudinell studie

Effekten av rbST på melken

Tabell 2 viser en oppsummering av melken for rbST og kontroll grupper uttrykt som middelverdi og standardavvik for produksjon av melk (Kg per dag) på hver behandling syklus, samt produksjon forskjellen mellom begge gruppene (% ekstra melk produsert av rbST gruppe i forhold til å styre dyr)., Fra syklus 0 til syklus 3, melkeproduksjon ser ut til å øke i begge grupper, noe som muligens indikerer at dyrene hadde ennå ikke nådd sin topp i amming. Selv om de første dose av rbST ble gitt, rundt 2 måneder post-partum, som anbefalt av produsenten, det er viktig å merke seg at denne anbefalingen er basert på matematiske modeller som finn melkeproduksjon topp på 60-90 dager postpartum., Men disse modellene er bare teoretiske tilnærminger og dager i melk (DIM) på melk peak har en bred variasjon mellom besetninger og dyr, være med klimaanlegg, blant andre faktorer, av velferd og feeding37. Fra syklus 4 til slutten av studien, en nedgang i melkeproduksjonen av kontroll kyr kunne skimtes mens rbST-behandlede dyr syntes å opprettholde sin produksjon relativt konstant på 30-35 kg gjennomsnittlig melk per dag, viser en tydelig nedadgående tendens bare når den hormonelle behandlingen ble stoppet (sykluser 14, 15 og 16)., På dette punktet, produksjon observert forskjeller mellom gruppene tilbake til nivåer som er svært nær de observerte på syklusen 0. Det er bemerkelsesverdig at melkeproduksjonen var betydelig høyere i rbST gruppen enn i kontroll under hele studien, bortsett fra under syklus 6 når disse dyrene var å produsere bare 5% mer enn kontroll fag (Tabell 2). På grunnlag av annen hver uke, administrasjon mønster av rbST som er anbefalt av produsenten, på dagen 70 gruppen av behandlede dyr bør ha fått en ny dose av rekombinant veksthormon., Imidlertid, at dosen ikke ble brukt, slik som å være i stand til å vurdere om rbST gruppe kunne gjenopprette pre-dose transcriptional profil etter 28 dager uten hormonell administrasjon (Fig. 1). Muligens skyldes dette mangel på hormonet, er det statistisk signifikante forskjeller i eksisterende produksjon av melk mellom de to gruppene forsvant, å belyse virkninger av rbST på melkeproduksjonen priser (Tabell 2). I dag 84, rbST ble administrert igjen og de betydelige forskjellene i melkeproduksjon mellom de to gruppene dukket opp igjen (24%)., En maksimal forskjell på 43% mer melk i behandlede dyr med hensyn til kontroll kyr ble observert på syklusen 12, begge knyttet til en opprettholdes produksjonen på grunn av rbST og en naturlig synkende mønster i kontroll kvinner. Merkelig, disse signifikante forskjeller ble opprettholdt helt til slutten av studien, selv nesten to måneder etter siste dose (12. dose, dag 168) ble gitt (Tabell 2).

Tabell 2 Melken i behandlet (N = 6) og kontrollgruppe (N = 3) langs studien.,

RNA isolert fra storfe somatiske celler

MSCs er lett-å-samle kilde av RNA for genuttrykk studier, som disse cellene kan bli isolert fra rå melk etter en veldig enkel protokoll. I tillegg, prøvetaking er billige og ikke-invasive, siden melk kan være samlet i melking rom uten direkte kontakt med dyr og derfor uten forårsaker stress som kan endre resultatene. I denne studien, rbST behandlingen hadde ingen signifikant effekt (P = 0.,099) på mengden av RNA isolert fra MSCs, med en gjennomsnittlig konsentrasjon av 120.69 ± 68.31 µg mL−1 i prøver fra rbST gruppe og 132.36 ± 68.86 µg mL−1 i prøver fra kontrollgruppen. Det betyr A260/280 forholdet verdi var 1.766 ± 0.095. Det er mulig at en renselse trinn med spinn kolonner økt A260/280 forhold og derfor renhet RNA-prøvene. Selv om inkludering av dette trinnet øker eksempel pris i rutinemessig analyse, det gjør det mulig å få prøver med høyere renhet. Det betyr RIN verdien som ble observert for de analyserte prøvene ble 6.88 ± 0.,82 Noen faktorer som kan påvirke integriteten av prøvene. Prøvene som er brukt i denne studien var storfe somatiske celler isolert fra melk. Melk er preget av en kompleks microbiota og RNases avledet fra at microbiota kan være ansvarlig for en lavere RNA integritet. I tillegg, noen av somatiske celler som finnes i melk kan være delvis degradert. Disse fakta ble også observert i en studie som brukes storfe vaginal smøre for transcriptomics studier med sikte på å finne biomarkører for å spore misbruk av anabole agents38., Også prosessen med melking, melk innsamling og transport til laboratoriet kunne, til tross for å være utført med så raskt som mulig, kan påvirke til RNA integritet.

Effekten av rbST på somatotropic aksen gener

Et sett av 18 gener (Tabell 1) ble valgt for å designe OpenArray® – platene som brukes i denne studien. Dette utvalget var basert på potensialet i disse genene for å få et karakteristisk rbST transcriptomic signatur som kan brukes som en standard for å kontrollere ab(bruk) av rbST i melkeku., Tidligere genuttrykk studier med rbST var utformet som single-dose og enkel prøvetaking studier i post-mortem mammary tissue27 eller multi-dose (fem doser) studier med blod og muskel prøvetaking i vivo31. Disse metodene er betraktet som fremmede, er relativt dyre, og derfor er upraktisk for kontrollformål, på gården. I tilfelle av somatotropin, kontroll må utføres i vivo, siden det ultimate målet er å unngå oppføring av rbST-melk til meieri markedet.,

I denne studien, uttrykk av IGF-1 ble bare påvist på alle prøven poeng i en ku (ku 7) behandlet med rbST og det var ikke detekterbare i MSCs av kontroll gruppe. Det faktum at det bare var mulig å oppdage IGF-1 mål på alle prøven poeng i en ku kan tyde på eksistensen av ulike lokale melkekjertlene svar til eksogene rbST blant individer. De fleste IGF-1 molekyler funnet i sirkulasjon bindes med høy affinitet til ett eller flere av de seks kjent IGF-1 bindende proteiner (IGFBP-1–6) som modulerer biotilgjengeligheten av IGF-1 i mål tissues39., Tidligere studier har observert at rbST påvirker sterkt upregulation av IGFBP-5 i skjelettmuskulatur av cattle31 og downregulates IGFBP-3 i mammary tissue32. Imidlertid, i denne studien, transkripsjoner av verken IGFBP-3 eller IGFBP-5 ble oppdaget på ethvert tidspunkt. Dette resultatet kan være grunn til MSCs som består hovedsakelig av leukocytes40 som undertrykkende effekt av IGFBP kan ikke være like viktig som i mammary vev. Derfor, både IGF-1 og IGF-1-bindende proteiner er forkastet som potensielle markører i somatiske celler i denne studien.,

en Annen viktig del av somatotropic aksen er IGF-1 reseptor (IGF-1R) som er den primære receptor signalling for IGF-1, som formidler de fleste av dens biologiske virkninger. På dag 1 rbST gruppe (0.348 ± 0.131) hadde en signifikant (P < 0.001) høyere relative overflod av IGF-1R enn kontrollgruppen (0.0898 ± 0.0486). Ulike studier som har vurdert konsentrasjon av rbST i blodet etter inntak observert at høyere konsentrasjoner av denne rekombinant veksthormon ble funnet etter rbST administration14,15., Derfor er det betydelige forskjeller observert i behandlet gruppe kan være grunn som en respons til IGF-1 syntetisert som respons høyere konsentrasjoner av rbST i kyr behandlet etter første dose administrasjon. I Fig. 2, kan det observeres at den relative overflod av IGF-1R for de to første sykluser av rbST administrasjon var også betydelig høyere i rbST gruppen enn i kontrollgruppen i mange eksempel poeng. Merkelig, på dagen 84 av studien, er den relative overflod av IGF-1R var lik i rbST gruppe (0.070 ± 0.057) og i kontrollgruppen (0.110 ± til 0,030)., Denne dagen falt sammen med den sjette administrasjon av rbST, og mellom denne dosen og den femte dose det var et gap av 28 dager i stedet for 14 dager. Derfor er det mulig at rbST gruppen ble gjenopprettet fysiologisk nivå av IGF-1R etter flere dager uten rbST, viser selv abstinenssymptomer av ned-regulering på IGF-1R transkripsjon. Disse resultatene indikerer at IGF-1R er en mulig god kandidat for inkludering i et panel av gener til å oppdage bruk av rbST i gården., Selv om andre forfattere ikke finner en signifikant effekt av rbST på IGF-1R nivåer i skjelett-muscle31 i denne studien et klart svar ble observert i nivåene av denne reseptoren transkripsjonen i MSCs. I denne forstand, leukocytter, neutrofiler og monocytter kan produsere veksthormon og IGF-1 og uttrykke sine reseptorer som tyder på at IGF-1/IGF-1R signalering trasé kan utøve tilsynsfunksjoner på immunsystemet inkludert immunceller proliferation41,42. Forskjellen mellom de to studiene kan skyldes forskjellige matriser brukt., MSCs kunne svare bedre på de høyere nivåer av circulating IGF-1 og øke antallet reseptorer for dette molekylet i deres membran

Figur 2

Relative overflod av IGF-1R og CCND-1 i første og andre sykluser av rbST administrasjon i kontrollgruppen (N = 3) og behandlet gruppe (N = 6). Den nonparametric Mann–Whitney U-test ble brukt for å sammenligne melken i hver syklus mellom behandlet og kontrollgruppen., Stjerner representerer statistisk signifikante forskjeller mellom behandlet gruppe og både kontrollgruppen. *(p < 0.05), **(p < 0.01), ***(p < 0.001).

Effekten av rbST på immunsystemet-relaterte gener

Tumor nekrose faktor (TNF) og interleukin-1β (IL-1β) er to cytokiner som er nært relatert til immunforsvaret system43., Skyldes antagelig til deres forhold var det mulig å identifisere lignende trender i den relative overflod av TNF og IL-1β transkripsjoner gjennom hele studiet. Den rbST administrasjon provosert en betydelig økning i den relative overflod av TNF og IL-1β transkripsjoner. Det er verdt å nevne at på dager 9, 23 og 35, er den relative abundances av TNF og IL-1β var betydelig høyere i rbST gruppe i forhold til kontrollgruppen (Fig. 3). I disse dager svarer til den andre uken av rbST sykluser, ca 7-9 dager etter injeksjoner av Lactotropina®., Derfor er det mulig at transcriptomic endringer forårsaket av rbST i disse to cytokiner er mer tydelig i den andre uken av en rbST syklus. Merkelig nok, på dagen 84 (28 dager etter den 5. rbST administrasjon), det var ingen signifikante forskjeller mellom gruppene (Fig. 3). I denne sammenheng, andre tidligere studier har brukt kraftige transcriptomic teknologier for å oppdage bruk av anabole agenter i cattle26,38., I disse studiene ble det også observert en økt transkripsjon av IL-1β, en av dem significantly26, og dette er svært interessant, fordi den refererte studien brukte blod celler som sammensetning er svært lik den på MSCs, som de har en høy andel av hvite blodlegemer. Imidlertid, den tidligere nevnte studier ikke finner en effekt av anabole agenter på TNF, mens den nåværende forskning funnet en sterk påvirkning av rbST administrasjon på den relative overflod av TNF., Med hensyn til dette, det har blitt rapportert at de eksogene administrasjon av rbST under amming kan styrke immunforsvaret i cows44. Faktisk, melk somatisk celle teller økt tidligere og raskere hos kyr som lider av coliforme mastitis når rbST var administered45. Veksthormon og dens rekombinant versjon vise evne til å modulere inflammatorisk reaksjon og nøytrofile forsvar av storfe ammende melkekjertlene i helse-og syke cows45. Dette kan forklare den upregulation av TNF og IL-1β i rbST behandlet kyr.,

I screening-undersøkelser ved å bruke transcriptomics det er veldig vanskelig å finne en bestemt gen som kan brukes som svært trofaste genet. Det bør bemerkes at både IL-1β og TNF kan være oppregulert i andre prosesser som sub-kliniske mastitis46,47. Ulike studier utført i Usa har observert at store gårder er mer sannsynlig å vedta rbST, noe som tyder ikke bare en potensiell gård-størrelse komponent av rbST bruk og lønnsomhet, men også en operatør (alder og utdanning) component48,49., Rekombinant somatotropin har vært hyppig rapportert som en management-intensiv teknologi, som er forbundet med bruk av andre produktivitet-orientert teknologi og praksis som er karakteristisk for større gårder, som er mindre hyppig blant grazers49,50. I denne forstand, subklinisk mastitt fører til en reduksjon i melkeproduksjon i berørte cows51. Det bør derfor være interessant å kombinere data av transcriptomic analyser med melkeproduksjon data., Også det kan være ledsaget av en melk mikrobiologiske analysen av mistanke om kyrne til å oppdage den viktigste patogener forbundet med subklinisk mastitt. Men det som virkelig øker potensialet for diskriminering er inkludering av flere gener i panelet.

Effekten av rbST på celle syklus, spredning, differensiering og heft

Det er kjent at rbST øker melk syntese ved å øke omsetningen (spredning/apoptosis) og aktivitet av mammary epitelceller, som indikerer at rbST påvirker metabolske mekanismer som regulerer celle omsetning/syklus og metabolism52., Celle-syklus er kontrollert av cyclins og cyclin-avhengige kinases. Av disse, cyclin D (endoded av CCND1 genet) koordinater celle syklus progresjon gjennom ekstracellulære stimuli (f.eks., vekstfaktor, nærings tilgjengelighet) og stasjonene G1 til S fasen progresjon som resulterer i celle mitose. Imidlertid, de fleste voksne celler blir opprettholdt i en hvilestrøm tilstand kjent som G0-fasen, en tilstand, og de kan re-gå inn i celle syklus i G1 fasen under egnede mitogenic stimuli53. I denne studien, ble det observert at rbST behandling påvirker sterkt CCND1 transkripsjon., Før første dose av rbST, det var ingen signifikante forskjeller mellom kontroll-og rbST grupper (Fig. 3). Men etter den første dosen, det var mulig å observere signifikante forskjeller mellom de to gruppene på forskjellige prøve poeng. Den relative overflod av CCND1 var betydelig høyere i rbST gruppen enn i kontrollgruppen i de to første sykluser av rbST behandling (Fig. 2). Denne effekten ser ut til å være spesielt tydelig 9 dager etter rbST administrasjon, på samme måte til TNF og IL-1β transkripsjoner., Dermed, på dager 9, 23 og 35 av studien, er den relative overflod av CCND1 var betydelig høyere i rbST gruppen enn i kontrollgruppen (Fig. 3). Til slutt, på dagen 84 (28 dager etter den 5. rbST administrasjon), det var ingen signifikante forskjeller mellom gruppene (Fig. 3) som i tilfelle av cytokiner. Også på den siste dag (219) for prøvetaking (51 dager etter siste rbST doser), var det ingen signifikante forskjeller (P > 0.05) mellom rbST gruppe (0.433 ± 0.141) og kontrollgruppen (0.430 ± 0.178)., Derfor, den eksogene administrasjon av rbST fører til en overexpression av CCND1. Dette kan resultere i aktivering av celler som er i G0-fasen, og i tilfelle av mammary vev, en økning i melkeproduksjonen gjennom å øke antall alveolar celler av mammary gland54.

Andre gener knyttet til celle syklus er svulsten protein D52-lignende 2 (TPD52L2) og sirtuin 2 (SIRT2). På en måte som ligner den som ble observert for CCND1, TNF og IL-1β, det var mulig å finne en signifikant høyere (P < 0.001) relative overflod av SIRT2 transkripsjoner i rbST gruppe (1.,517 ± 0.199) enn i kontrollgruppen (0.506 ± 0.250) på dag 23 av studien, men i dette tilfellet bare i løpet av den andre syklusen av rbST administrasjon (Fig. 4). Den økte nivåer av CCND1 og SIRT2 transkripsjoner etter den andre administrasjonen av Lactotropina® i behandlet gruppe kan være resultat av en effekt av eksogene rbST på celle syklus. Sirkulasjonen av denne peptid hormon i organismen vil medføre aktivering av celle syklus i målet celler., Imidlertid, i andre rbST sykluser, forholdet mellom dose administrasjon og endringer i den relative overflod av SIRT2 transkripsjoner var ikke så tydelig som i andre dose. I tillegg til ovenstående, er det bemerkelsesverdig at den behandlede gruppen presentert en betydelig høyere relativ overflod av TPD52L2 transkripsjoner (P < 0.05) i løpet av 4 dager etter den første rbST administrasjon. En annen komponent innblandet i celle metabolisme av sin relevante rolle i oversettelsen er eukaryote tøyelighet faktor 1 gamma (EEF1G).,

Figur 4

Utviklingen av den relative overflod av noen mål gener under hele prøven poeng av studiet i rbST behandlet gruppe (N = 6) og kontrollgruppe (N = 3).

I denne studien, er den relative overflod av EEF1G transkripsjoner ikke følger en tydelig tendens i slekt å rbST administrasjon., Men på dager 17 og 30 (3 og 2 dager etter den andre og tredje rbST doser, henholdsvis), den relative overflod av EEF1G transkripsjoner var betydelig høyere i rbST gruppe. En tidligere study27 konkluderte med at rbST behandling øker nivåene av EEF1G transkripsjoner i mammary vev, men det brukes bare én prøve punkt 6 dager etter somatotropin administrasjon. Derfor er det ikke mulig å direkte sammenligne disse resultatene med resultatene i denne studien, der 36 eksempel punktene ble brukt for transcriptomic analyser i løpet av 8 måneder., Et annet gen som er inkludert i denne studien er melkefett globule-EGF-faktor 8 protein (MFGE8). I Fig. 4, er det mulig å observere at den relative overflod av MFGE8 i rbST gruppen hadde stor variasjon mellom sampling dager. Spesielt McCoard et al.27 observert at 6 dager etter rbST administrasjon, den relative overflod av MFGE8 i storfe mammary vev var høyere. Men, som før nevnt, at studien inkluderte bare ett datapunkt etter en enkelt rbST dose., Den nåværende langsiktig multi-dose eksperiment har vist at transkripsjon mønstre i storfe behandlet med rbST har stor variasjon over tid. For eksempel, data innhentet for CCND1 viste at effekten av rbST på transkripsjon av noen gener øker med antall doser. Selv om det er mulig at rbST påvirker transkripsjon av MFGE8 genet, fikk resultatene viste både opp – og ned-regulering., Derfor, MFGE8 kan ikke bli foreslått som en ideell kandidat for å spore rbST (mis)bruk hos storfe, som det ikke var mulig å observere en tydelig tendens i sin transkripsjon. Et annet gen knyttet til celle tilslutning evaluert i denne studien er catenin alfa-lik 1 (CTNNAL1). Det var imidlertid ikke mulig å finne signifikante forskjeller i sin transkripsjon som et resultat av rbST administrasjon.

Andre gener

Laktoferrin (LTF) er en jern-bindende glykoprotein som hører til transferrin family55., Figur 4 viser utviklingen av LTF-genet i forhold abundances på alle prøve poeng vurdert i denne studien. Selv om upregulation av LTF ble observert i tidligere studier med anabole stoffer i cattle38, det var ikke mulig å etablere en klar tendens til LTF i forhold til rbST behandling. For eksempel, på 9 dager og 53, den relative overflod av LTF betydelig lavere i rbST-behandlede dyr. Imidlertid, på dagen 91, den relative overflod var betydelig høyere i denne gruppen. Det er nødvendig å diskutere resultatene for kollagen type III-α 1 (COL3A1) – genet., En tidligere studie som konkluderte med at behandling med rbST i melkeku føre upregulation av COL3A1 genet i mammary vev 6 dager etter rbST administration27. Imidlertid, i det foreliggende arbeidet, var det ikke mulig å oppdage transkripsjoner av COL3A1 genet. Også ESR2 transkripsjon ble ikke funnet i denne studien.

Et panel av gener for å overvåke rbST (mis)bruk i melkeku

Det endelige målet med dette arbeidet var å foreslå en rutine panel av gener som kombinert transkripsjon mønster ville tillate utvikling av en screening-metode for å kontrollere misbruk av rbST i melkebruk via MSCs., I motsetning til andre tidligere studies27,31,32, dette arbeidet analyseres transkripsjon mønstre av rbST-relaterte gener i en 8-måneders real-forhold eksperiment inkludert 12 sykluser av rbST administrasjon og styre dyr. Denne tilnærmingen er tillatt mer nøyaktige data som skal innhentes for å differensiere mellom rbST-behandlet kyr og kontroll kyr.

Multivariate statistiske analyser ble kjørt til å belyse endringer i MSCs transkripsjon mønstre som en konsekvens av rbST administrasjon., For dette formål, bare transkripsjon av ni gener som ble vellykket målt over hele eksperimentet (IGF1R, CCND1, TNF, IL1ß, SIRT2, EEFG1, MFEG8, LTF, TDP52L2) ble brukt, unntatt de gener som bare uttrykkes i svært få tilfeller/prøver. Hovedmålet med PCA-analyse er å identifisere globale mønstre i data, oppdage sammenhengen mellom ulike variabler, dvs. i dette tilfellet, avskrifter av ulike gener., Projeksjon av prøvene inn i den nye flerdimensjonale plass av de viktigste komponentene (Stk) ville føre til at en differensiering mellom rbST og kontrollgrupper, fremhever også de gener med en større evne som biomarkører for behandling. I score plot av PCA-analysen er vist i Fig. 5, en gruppering tendensen kan bli sett i de to gruppene av MSC prøver, med rbST-behandlede dyr identifisert som røde sirkler og kontroll dyr som svarte boksene, og merket i henhold til den eksperimentelle dag., Ulike prøver av rbST gruppen dukket opp blandet med kontroller på venstre side av tomten men, merkelig nok, de fleste av dem svarer til en dag med somatotropin administrasjon (14 dager, 28, 57, eller 84) eller til den første 2-3 dagene etter en dose (2 dager, 3, 17, 44 eller 115), der en tydelig transcriptomic forstyrrelse ikke ble oppdaget. Tvert imot er det svært få kontroll dyr kan bli klassifisert som behandlet kyr på PCA, og deres situasjon er forklart av ekstreme verdier i spesielt dårlig diskriminerende gener som LTF, MFGE8 eller SIRT2.,

Figur 5

PCA-plott som er bygget med full transcriptomic profiler av melk somatiske celler (MSCs), der en forskjellsbehandling mellom kyr behandlet med rbST (N = 6, røde sirkler) og kontroll av dyr (N = 3; svarte bokser) kan skimtes. MSC prøvene er merket i henhold til dag av eksperimentet, var dag 0 dag i den første rbST dose i behandlede dyr.,

transcriptomic profiler ble også utsatt for en OPLS-DA, der potensielle diskriminerende gener ble også påpekt. I Fig. 6a, visuell representasjon av den multivariate modellen er vist, med MSC prøver fra kontroll dyr plottet som svarte firkanter og prøver fra rbST gruppe som røde sirkler. På en lignende måte til PCA, flere rbST prøvene er anslått blant kontrollprøver på venstre side av ellipsen., Imidlertid, disse prøvene ble samlet inn når transcriptomic forstyrrelse forårsaket av rbST hadde forsvunnet (eller hadde ikke dukket opp ennå), så strengt, kunne de bli klassifisert som styrer i det bestemte øyeblikket. Derimot er det svært få kontroll prøvene ble klassifisert som rbST. Når ingen test sett er tilgjengelig så er denne saken her, cross-validation metoden er den viktigste strategien for å vurdere kvaliteten av en modell. Resultatene av cross-validation prosedyren er oppsummert av verdien av ulike kvalitetsparametere., I denne studien, OPLS multivariate modellen viste følgende egenskaper: R2(X) = 0.6, R2(Y) = 0,4 og Q2 = 0.3. Modellen forklarer 60% av variasjonen i x-plass og 40% av variasjonen i y-plass, og godhet av prediksjon er 30%. Disse verdiene indikerer en relativt god beskrivelse av data ved modellen og gjennomsnittlig predictability34. P-verdien som beregnes ut fra CV-ANOVA ble 3.01 × 10-7, noe som tyder på eksistensen av betydelige forskjeller mellom de to klassene av modellen., Det faktum at denne modellen ble bygget med et panel av gener med ulike diskriminerende evne bør ikke bli ignorert, som det påvirker diskriminerende effekt av OPLS. Dessuten, de eksperimentelle dager med svært lite eller ingen rbST-effekt på deres transkripsjoner er definitivt vekting modellen siden det i praksis er de som hører til en gruppe, men fungere som den andre., I fremtiden multivariate screening modeller, et panel av valgt svært diskriminerende gener må brukes, og helst «kjent» og «ukjent» prøver å bli projisert i den multivariate modellen vil tilhøre lignende bestander (alder, rase, osv.) og amming øyeblikk, i et forsøk på å overvinne inter-individuelle dyr variability35. I denne typen tilnærminger, er det også viktig at den prediktive befolkningen er større enn de anslåtte prøver. Til slutt, årsakene til diskriminering på OPLS-DA ble undersøkt i tilsvarende S-plottet (Fig., 6b), som viste at bidraget fra hver variabel (gentranskripsjon) til separasjon av de to eksempel klasser. Som kommentert i forrige avsnitt, er det mest diskriminerende, transkripsjon i MSC ble funnet i CCND1, IGF-1R, TNF og IL-1β gener. Det synes klart at rbST behandlinger utløse en upregulation av de gener og deres usein fremtidig overvåking paneler er et lovende alternativ for rutinemessig kontroll i meieri.,

Figur 6

OPLS-DA scatter plot (a), som er bygget av trasncriptomic profiler fra melk somatiske celler, som viser en forskjellsbehandling mellom kontroll (N = 3; sorte sirkler) og rbST (N = 6; røde prikker) dyr, merket i henhold til den eksperimentelle dag (var dag 0 dag av 1. dose i rbST gruppe). S-plot (b) er knyttet til OPLS diskriminantanalyse, fremhever gener som er mer påvirket av rbST på øvre høyre hjørne av tomten, og dermed med en høyere diskriminerende effekt.,

Som i en rutinemessig kontroll for å oppdage ulovlig bruk av rbST med dette genet panel, ville det være ingen informasjon om når kyr har blitt behandlet (med andre ord, det er en blind analyse), helst hver dag under amming bør prøves/kontrollert. Men, fra et praktisk synspunkt, dette forslaget høres litt urealistisk. Hva det er foreslått er en tilfeldig samling av melk en gang per uke, annenhver uke dager., Som somatotropin er administrert på en jevnlig basis gjennom hele laktasjonen (starter 80-100 dager postpartum, bi-ukentlig), i alle lakterende kyr på gården, med et godt utvalg plan, på et tidspunkt rbST skal være registrert i gården. Den transcriptomic data innhentet fra prøvene må være sammenlignet med en transcriptomic dataset fra en kontroll befolkningen. De prøvene som ble presentert høyere verdier av gener som er foreslått i dette dokumentet bør betraktes som mistenkelige. Den andre trinn bør være å undersøke den spesielle situasjonen for hver «positive» ku (mastitt, graviditet, etc.,), og, hvis nødvendig, for å fortsette å bekreftende analyse. Det er viktig å merke også høy gjennomstrømning kapasitet på denne real time PCR-tilnærming, noe som gjør det mulig prøvetaking plan.

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *