Welcome to Our Website

Contur recombinant bovine somatotropin ab(utilizare) prin transcriptomics: potențialul de bovine celule somatice într-un multi-doză studiu longitudinal

Efect de gru pe producția de lapte

Tabelul 2 prezintă un rezumat al producției de lapte pentru gru și grupuri de control, exprimată ca medie și deviație standard a producției de lapte (Kg / zi) la fiecare ciclu de tratament, precum și producția diferența între cele două grupuri (% plus laptele produs de gru grup, în comparație cu animalele de control)., De la ciclul 0 la ciclul 3, producția de lapte pare să crească în ambele grupuri, posibil indicând faptul că animalele nu au atins încă vârful lactației. Deși prima doză de rbST a fost administrată la aproximativ 2 luni post-partum, așa cum recomandă producătorul, este important de reținut că această recomandare se bazează pe modele matematice care localizează vârful producției de lapte la 60-90 zile postpartum., Cu toate acestea, aceste modele sunt doar abordări teoretice, iar zilele în lapte (DIM) la vârf de lapte au o mare variație între turme și vaci, fiind condiționate, printre alți factori, de bunăstare și hrănire37. Din ciclul 4 la finalul studiului, o scădere a producției de lapte de control vaci putea fi zărit în timp ce gru-animalele tratate părea să-și mențină producția relativ constantă pe 30-35 kg medie de lapte pe zi, arată o evidentă tendință descrescătoare numai atunci când tratamentul hormonal a fost oprit (cicluri de 14, 15 și 16)., În acest moment, diferențele de producție observate între grupuri au revenit la niveluri foarte apropiate de cele observate la ciclul 0. Este remarcabil faptul că producția de lapte a fost semnificativ mai mare în lotul rbST decât în lotul martor pe parcursul întregului studiu, cu excepția ciclului 6, când aceste animale produceau cu doar 5% mai mult decât subiecții de control (Tabelul 2). Pe baza modelului de administrare de două ori pe săptămână a rbST recomandat de producător, în ziua 70, grupul de animale tratate ar fi trebuit să primească o nouă doză de hormon de creștere recombinant., Cu toate acestea, această doză nu a fost aplicată pentru a putea evalua dacă grupul rbST ar putea recupera profilul transcripțional pre-doză după 28 de zile fără administrare hormonală (Fig. 1). Posibil din cauza acestei lipse de hormoni, diferențele semnificative statistic existente în producția de lapte între cele două grupuri au dispărut, evidențiind efectele rbST asupra ratelor de producție a laptelui (Tabelul 2). În ziua 84, rbST a fost administrată din nou și au reapărut diferențele semnificative în producția de lapte între cele două grupuri (24%)., O diferență maximă de 43% mai mult lapte la animalele tratate în ceea ce privește vacile de control a fost observată în ciclul 12, ambele legate de o producție menținută datorată rbST și de un model natural de scădere la femelele de control. Curios, aceste diferențe semnificative s-au menținut până la sfârșitul studiului, chiar și la aproape două luni după administrarea ultimei doze (a 12-A doză, ziua 168) (Tabelul 2).

Tabelul 2 producția de Lapte în tratați (N = 6) și grup de control (N = 3) de-a lungul studiului.,

ARN-ul izolat de la bovine celule somatice

Csm sunt ușor de a colecta sursă de ARN pentru expresia genelor studii, ca aceste celule pot fi izolate din lapte crud în urma unei foarte simplu protocol. În plus, colectarea probelor este ieftină și neinvazivă, deoarece laptele poate fi colectat în camera de muls fără contact direct cu animalul și, prin urmare, fără a provoca stres care ar putea modifica rezultatele obținute. În acest studiu, tratamentul cu rbST nu a avut niciun efect semnificativ (P = 0.,099) privind cantitatea de ARN izolat de la Csm, cu o concentrație medie de 120.69 ± 68.31 µg mL−1 în probele de gru grup și 132.36 ± 68.86 µg mL−1 în probele din grupul de control. Valoarea medie a raportului A260 / 280 a fost de 1,766 ± 0,095. Este posibil ca o etapă de purificare cu coloane de spin să crească raportul A260/280 și, prin urmare, puritatea probelor de ARN. Deși includerea acestei etape crește prețul eșantionului în analiza de rutină, permite obținerea probelor cu o puritate mai mare. Valoarea medie a RIN observată pentru probele analizate a fost de 6,88 ± 0.,82 unii factori ar putea afecta integritatea probelor. Probele utilizate în acest studiu au fost celule somatice bovine izolate din lapte. Laptele se caracterizează printr-o microbiotă complexă, iar Arnazele derivate din microbiota respectivă ar putea fi responsabile de o integritate ARN mai mică. În plus, unele dintre celulele somatice prezente în lapte ar putea fi parțial degradate. Aceste fapte au fost, de asemenea, observate într-un studiu care a folosit bovine frotiu vaginal pentru transcriptomics studii cu scopul de a găsi biomarkeri pentru a depista abuzul de steroizi agents38., De asemenea, procesul de muls, colectarea laptelui și transportul la laborator ar putea, în ciuda faptului că se desfășoară cu cât mai repede posibil, să afecteze integritatea ARN.

Efect de gru pe somatotropic axa gene

Un set de 18 de gene (Tabelul 1) au fost selectate pentru proiectarea OpenArray® plăci utilizate în acest studiu. Această selecție s-a bazat pe potențialul acestor gene de a obține o semnătură transcriptomică caracteristică rbST care ar putea fi utilizată ca standard pentru a controla ab(utilizarea) rbST la vacile de lapte., Anterior, expresia genelor studii cu gru au fost concepute ca doză unică și singură de eșantionare studii în post-mortem mamare tissue27 sau multi-doză (cinci doze) studii cu sânge și mușchi de eșantionare în vivo31. Aceste metode sunt considerate invazive, relativ costisitoare și, prin urmare, impracticabile în scopuri de control în fermele de lapte. În cazul somatotropinei, controlul trebuie efectuat in vivo, deoarece scopul final este de a evita intrarea laptelui rbST pe piața produselor lactate.,

în acest studiu, expresia IGF-1 a fost detectată doar la toate punctele de probă la o vacă (vaca 7) tratată cu rbST și nu a fost detectabilă în MSC-urile din grupul de control. Faptul că a fost posibilă numai detectarea țintei IGF-1 la toate punctele de probă dintr-o vacă poate indica existența unor răspunsuri locale diferite ale glandelor mamare la rbST exogene în rândul indivizilor. Majoritatea moleculelor de IGF-1 găsite în circulație sunt legate cu afinitate ridicată la una sau mai multe dintre cele șase proteine cunoscute de legare a IGF-1 (IGFBP–1-6) care modulează biodisponibilitatea IGF-1 în țesuturile ținte39., Studii anterioare au observat că gru influențează puternic upregulation de IGFBP-5 în mușchii scheletici de cattle31 și dereglează IGFBP-3 mamare tissue32. Cu toate acestea, în acest studiu, transcrierile nici IGFBP-3, nici IGFBP-5 nu au fost detectate în orice moment. Acest rezultat s-ar putea datora faptului că MSC sunt compuse în principal din leucocite40 în care efectul represiv al IGFBP poate să nu fie la fel de important ca în țesutul mamar. Prin urmare, atât proteinele de legare a IGF-1 cât și IGF-1 sunt eliminate ca markeri potențiali în celulele somatice în acest studiu.,o altă componentă cheie a axei somatotropice este receptorul IGF-1 (IGF-1R), care este receptorul primar de semnalizare pentru IGF-1 care mediază majoritatea efectelor sale biologice. Pe zi 1 gru grup (0.348 ± 0.131) a fost semnificativ (P < 0.001) mai mare abundența relativă de IGF-1R decât grupul de control (0.0898 ± 0.0486). Diferite studii care au evaluat concentrația de rbST în sânge după administrare au observat că concentrațiile mai mari ale acestui hormon recombinant au fost găsite după administrarea rbst14,15., Prin urmare, diferențele semnificative observate în grupul tratat s-ar putea datora ca răspuns la IGF-1 sintetizat ca răspuns la concentrațiile mai mari de rbST la vacile tratate după administrarea primei doze. În Fig. 2, se poate observa că abundența relativă a IGF-1R pentru primele două cicluri de administrare a rbST a fost, de asemenea, semnificativ mai mare în grupul rbST decât în grupul de control în multe puncte de probă. Curios, în ziua 84 a studiului, abundența relativă a IGF-1R a fost similară în grupul rbST (0,070 ± 0,057) și în grupul de control (0,110 ± 0,030)., Această zi a coincis cu a șasea administrare de rbST, iar între această doză și a cincea doză a existat un decalaj de 28 de zile în loc de 14 zile. Prin urmare, este posibil ca grupul rbST să fi recuperat nivelul fiziologic al IGF-1R după câteva zile fără rbST, prezentând chiar efecte de retragere ale reglării în jos asupra transcripției IGF-1R. Aceste rezultate indică faptul că IGF-1R este un posibil candidat bun pentru includerea într-un grup de gene pentru a detecta utilizarea rbST în fermele de lapte., Deși alți autori nu au găsit un efect semnificativ al gru pe IGF-1R niveluri în scheletului muscle31, în acest studiu un răspuns clar a fost observată în nivelurile de acest receptor transcrierea în Csm. În acest sens, leucocite, neutrofile și monocite poate produce hormon de creștere și IGF-1 și exprima receptori care indică faptul că IGF-1/IGF-1R cai de semnalizare s-ar putea exercita funcțiile de reglementare asupra sistemului imunitar, inclusiv celule imune proliferation41,42. Diferența dintre cele două studii s-ar putea datora diferitelor matrice utilizate., Csm ar putea răspunde mai bine la nivelele superioare de FCI-1 circulant și creșterea numărului de receptori pentru această moleculă în membrana lor

Figura 2

abundența Relativă de IGF-1R și CCND-1 din primul și al doilea ciclu de gru administrare în grupul de control (N = 3) și grupul tratat (N = 6). Testul nonparametric Mann-Whitney U a fost utilizat pentru a compara producția de lapte în fiecare ciclu între grupul tratat și grupul de control., Asteriscurile reprezintă diferențe semnificative statistic între grupul tratat și ambele grupuri de control. *(p < 0.05), **(p < 0.01), ***(p < 0.001).

Efect de gru asupra sistemului imunitar legate de gene

factorul de necroză Tumorală (TNF) și a interleukinei-1β (IL-1β) sunt două citokine strâns legate de sistemul imunitar system43., Datorită probabil relației lor, a fost posibil să se identifice tendințe similare în abundența relativă a transcrierilor TNF și IL-1β pe tot parcursul studiului. Administrarea rbST a provocat o creștere semnificativă a abundenței relative a transcripțiilor TNF și IL-1β. De menționat că în zilele 9, 23 și 35, abundența relativă a TNF și IL-1β a fost semnificativ mai mare în lotul rbST comparativ cu lotul martor (Fig. 3). Aceste zile corespund celei de-a doua săptămâni de cicluri rbST, aproximativ 7-9 zile după injecțiile cu Lactotropina®., Prin urmare, este posibil ca modificările transcriptomice cauzate de rbST în aceste două citokine să fie mai evidente în a doua săptămână a unui ciclu rbST. În mod curios, în ziua 84 (28 de zile după administrarea a 5-a rbST), nu au existat diferențe semnificative între grupuri (Fig. 3). În acest context, alte studii anterioare au folosit tehnologii transcriptomice puternice pentru a detecta utilizarea agenților anabolizanți în cattle26,38., Aceste studii au observat, de asemenea, o transcriere a crescut de IL-1β, unul dintre ei significantly26, iar acest lucru este foarte interesant, deoarece menționate studiu a folosit celule sanguine care compoziția este foarte similară cu cea a Csm, deoarece acestea au un procent ridicat de celule albe din sânge. Cu toate acestea, studiile menționate anterior nu au găsit un efect al agenților anabolizanți asupra TNF, în timp ce cercetarea de față a găsit o influență puternică a administrării rbST asupra abundenței relative a TNF., În acest sens, s-a raportat că administrarea exogenă de rbST în timpul alăptării poate spori răspunsul imun la vaci44. De fapt, numărul celulelor somatice din lapte a crescut mai devreme și mai rapid la vacile care suferă de mastită coliformă atunci când a fost administrat rbst45. Hormonul de creștere și versiunea sa recombinantă arată capacitatea de a modula reacția inflamatorie și apărarea neutrofilelor a glandei mamare care alăptează bovină la vacile de sănătate și bolnave45. Acest lucru ar putea explica creșterea valorilor TNF și IL-1β la vacile tratate cu rbST.,

în studiile de screening prin utilizarea transcriptomicii este foarte dificil să se găsească o genă specifică care ar putea fi utilizată ca genă foarte de încredere. Trebuie remarcat faptul că atât IL-1β,cât și TNF pot fi reglate în alte procese ca mastită subclinică46, 47. Diferite studii efectuate în Statele Unite au observat că fermele mari au mai multe șanse să adopte rbST, sugerând nu numai o componentă potențială a dimensiunii fermei de utilizare și rentabilitate a rbST,ci și o componentă a operatorului (vârstă și educație) 48, 49., Recombinant somatotropina a fost frecvent raportată ca management-tehnologie intensivă, asociate cu utilizarea de alte productivitatea orientate spre tehnologii și practici de management care sunt caracteristice de ferme mai mari, fiind mai puțin frecvente în rândul grazers49,50. În acest sens, mastita subclinică determină o reducere a producției de lapte la vacile afectate51. Prin urmare, ar trebui să fie interesant să se combine datele testelor transcriptomice cu datele privind producția de lapte., De asemenea, ar putea fi însoțită de un test microbiologic al laptelui la vaci suspectate pentru a detecta principalii agenți patogeni asociați cu mastita subclinică. Dar ceea ce crește cu adevărat potențialul de discriminare este includerea mai multor gene în panou.

Efect de gru asupra ciclului celular, proliferarea, diferențierea și aderență

se știe că gru lapte crește sinteza prin creșterea cifrei de afaceri (proliferare/apoptoza) și activitatea de celulele epiteliale mamare, indicând faptul că gru influențe căi metabolice care reglementează cifra de afaceri de celule/ciclu și metabolism52., Ciclul celular este controlat de cicline și kinaze dependente de ciclină. De aceia, cyclina D (endoded de CCND1 gene) coordonează progresia ciclului celular prin extracelular stimulare (de exemplu, factorul de creștere, disponibilitatea substanțelor nutritive) și unități G1 la faza S progresie rezultată din mitoza celulelor. Cu toate acestea, majoritatea celulelor adulte sunt menținute într-o stare de repaus cunoscută sub numele de faza G0, o stare de repaus și pot reintra în ciclul celular în faza G1 sub stimulii mitogeni adecvați53. În acest studiu, s-a observat că tratamentul cu rbST influențează puternic transcripția CCND1., Înainte de prima doză de rbST, nu au existat diferențe semnificative între grupurile martor și rbST (Fig. 3). Cu toate acestea, după prima doză, a fost posibil să se observe diferențe semnificative între cele două grupuri la diferite puncte de probă. Abundența relativă a CCND1 a fost semnificativ mai mare în grupul rbST decât în grupul de control în primele două cicluri de tratament cu rBST (Fig. 2). Acest efect pare să fie deosebit de evident la 9 zile după administrarea rbST, similar transcrierilor TNF și IL-1β., Astfel, în zilele 9, 23 și 35 ale studiului, abundența relativă a CCND1 a fost semnificativ mai mare în grupul rbST decât în grupul de control (Fig. 3). În cele din urmă, în ziua 84 (28 de zile după administrarea celei de-a 5-a rbST), nu au existat diferențe semnificative între grupuri (Fig. 3) ca și în cazul citokinelor. De asemenea, în ultima zi (219) de prelevare de probe (51 de zile după ultima gru doze), nu au existat diferențe semnificative (P > 0,05) între gru grup (0.433 ± 0.141) și grupul de control (0.430 ± 0.178)., Prin urmare, administrarea exogenă a rbST determină o supraexpresie a CCND1. Acest lucru poate duce la activarea de celule în faza G0, iar în cazul special de tesut mamar, o creștere a producției de lapte prin creșterea numărului de celule alveolare mamare gland54.alte gene legate de ciclul celular sunt proteina tumorală D52-like 2 (TPD52L2) și sirtuina 2 (SIRT2). Într-o manieră similară cu cea observată pentru CCND1, TNF și IL-1β, a fost posibil pentru a găsi o semnificativ mai mare (P < 0.001) abundența relativă de SIRT2 transcrieri în gru grup (1.,517 ± 0.199) decât în grupul de control (0.506 ± 0.250) pe zi 23 de studiu, dar în acest caz doar în timpul al doilea ciclu de gru de administrare (Fig. 4). Nivelurile crescute de CCND1 si SIRT2 transcrieri după a doua administrare de Lactotropina® în grupul tratat ar putea fi rezultatul unui efect exogene gru asupra ciclului celular. Circulația acestui hormon peptidic în organism ar duce la activarea ciclului celular în celulele țintă., Cu toate acestea, în celelalte cicluri rbST, relația dintre administrarea dozei și modificările abundenței relative a transcripțiilor SIRT2 nu a fost la fel de evidentă ca în a doua doză. În plus față de cele de mai sus, este remarcabil faptul că grupul tratat prezentat un nivel semnificativ mai mare abundența relativă de TPD52L2 transcrieri (P < 0.05) pe parcursul a 4 zile după prima gru administrare. O altă componentă implicată în metabolismul celular prin rolul său relevant În traducere este factorul de alungire eucariotă 1 gamma (EEF1G).,

Figura 4

Evoluția de abundența relativă a unor gene țintă în toate punctele eșantion de studiu în gru grupul tratat (N = 6) și grup de control (N = 3).

În acest studiu, abundența relativă a EEF1G transcrieri nu a urmat o tendință evidentă legate de gru administrare., Cu toate acestea, în zilele 17 și 30 (3 și 2 zile după a doua și, respectiv, a treia doză rbST), abundența relativă a transcrierilor EEF1G a fost semnificativ mai mare în grupul rbST. Un precedent study27 a concluzionat că gru tratament crește nivelurile de EEF1G transcrieri în tesut mamar, dar a folosit doar un singur punct de probă de 6 zile după somatotropina administrare. Prin urmare, nu este posibilă compararea directă a acestor rezultate cu rezultatele obținute în acest studiu, în care au fost utilizate 36 de puncte de probă pentru testele transcriptomice pe parcursul a 8 luni., O altă genă inclusă în acest studiu este globula de grăsime din lapte-proteina FEG factor 8 (MFGE8). În Fig. 4, este posibil să se observe că abundența relativă a MFGE8 în grupul rbST a avut o mare variabilitate între zilele de eșantionare. În special, McCoard și colab.27 a observat că, la 6 zile după administrarea rbST, abundența relativă a MFGE8 în țesutul mamar bovin a fost mai mare. Cu toate acestea, după cum s-a menționat anterior, studiul respectiv a inclus un singur punct de date după o singură doză de rbST., Prezentul experiment pe termen lung cu mai multe doze a demonstrat că modelele de transcripție la bovinele tratate cu rbST au o mare variabilitate în timp. De exemplu, datele obținute pentru CCND1 au arătat că efectul rbST asupra transcripției unor gene crește odată cu numărul de doze. Deși este posibil ca rbST să influențeze transcrierea genei MFGE8, rezultatele obținute au arătat atât reglarea în sus, cât și în jos., Prin urmare, MFGE8 nu poate fi sugerat ca un candidat ideal pentru urmărirea utilizării rbST (ab)la bovine, deoarece nu a fost posibil să se observe o tendință clară în transcrierea sa. O altă genă legată de aderența celulară evaluată în acest studiu este catenina alfa-like 1 (CTNNAL1). Cu toate acestea, nu a fost posibil să se găsească diferențe semnificative în transcrierea sa ca urmare a administrării rbST.Lactoferina (LTF) este o glicoproteină care leagă fierul aparținând familiei transferine55., Figura 4 prezintă evoluția abundențelor relative ale genei LTF la toate punctele de probă evaluate în acest studiu. Deși upregulation de LTF a fost observată în studiile anterioare cu substanțe anabolice în cattle38, nu a fost posibil să se stabilească o tendință clară pentru LTF în ceea ce privește tratamentul rbST. De exemplu, în zilele 9 și 53, abundența relativă a LTF considerabil mai mică la animalele tratate cu rbST. Cu toate acestea, în ziua 91, abundența relativă a fost considerabil mai mare în acel grup. Este necesar să se discute rezultatele obținute pentru gena de colagen tip III α1 (COL3A1)., Un studiu anterior a concluzionat că tratamentele cu gru la vacile de lapte cauza upregulation de COL3A1 gene în tesut mamar 6 zile după gru administration27. Cu toate acestea, în lucrarea de față nu a fost posibilă detectarea transcrierilor genei COL3A1. De asemenea, transcrierea ESR2 nu a fost detectată în acest studiu.scopul final al acestei lucrări a fost de a propune un grup de rutină de gene al căror model de transcripție combinată ar permite dezvoltarea unei metode de screening pentru a controla utilizarea necorespunzătoare a rbST în fermele de lapte prin intermediul MSC-urilor., Spre deosebire de alte studii anterioare27,31,32, această lucrare a analizat modelele de transcripție ale genelor legate de rbST într-un experiment de 8 luni în condiții reale, incluzând 12 cicluri de administrare și control a rbST animale. Această abordare a permis obținerea unor date mai precise pentru a face diferența între vacile tratate cu rbST și vacile de control.analiza statistică multivariată a fost rulată pentru a elucida modificările modelelor de transcriere MSCs ca o consecință a administrării rbST., În acest scop, numai transcrierea nouă gene care au fost măsurat cu succes de-a lungul întregului experiment (IGF1R, CCND1, TNF, IL1ß, SIRT2, EEFG1, MFEG8, LTF, TDP52L2) au fost folosite, cu excepția celor de gene care se exprimă doar în foarte puține cazuri/probe. Scopul principal al analizei PCA este identificarea tiparelor globale în date, detectarea corelației dintre diferite variabile, adică în acest caz particular, transcrieri ale diferitelor gene., Proiecția probelor în noul spațiu multidimensional al componentelor principale (PCs) ar putea permite o diferențiere între rBST și grupurile de control, evidențiind și acele gene cu o capacitate mai mare ca biomarkeri ai tratamentului. În graficul scorului analizei PCA prezentat în Fig. 5, o tendință de grupare ar putea fi observată în cele două grupuri de probe MSC, animalele tratate cu rbST identificate ca cercuri roșii și animalele de control ca cutii negre și etichetate în funcție de ziua experimentală., Diferite probe de gru grup a apărut amestecat cu comenzile de pe partea stângă a parcelei, dar, destul de curios, majoritatea dintre ele corespunde o zi de somatotropina administrare (zilele 14, 28, 57 sau 84) sau la primele 2-3 zile dupa o doza (zilele 2, 3, 17, 44 sau 115), în care o evidentă transcriptomica perturbarea nu a fost detectat. Dimpotrivă, foarte puține animale de control ar putea fi clasificate ca vacile pe APC, iar situația lor este explicată de valorile extreme, în special, slab discriminativă gene, cum ar fi LTF, MFGE8 sau SIRT2.,

Figura 5

PCA teren construit folosind plin transcriptomica profile celulelor somatice din lapte (Csm), în care o discriminare între vacile tratate cu gru (N = 6, cercuri roșii) și animalele de control (N = 3; cutii negre) poate fi zărit. Probele MSC sunt etichetate în funcție de ziua experimentului, fiind ziua 0 ziua primei doze de rbST la animalele tratate.,

transcriptomica profile au fost, de asemenea, supuse unui OPLS-DA, de la care potențial discriminatorii gene au fost, de asemenea, subliniat. În Fig. 6A, este prezentată reprezentarea vizuală a modelului multivariat, cu probe MSC de la animale de control reprezentate ca pătrate negre și probe din grupul rbST ca cercuri roșii. În mod similar cu PCA, mai multe probe rbST sunt proiectate printre probele de control din partea stângă a elipsei., Cu toate acestea, aceste probe au fost colectate atunci când perturbarea transcriptomică cauzată de rbST a dispărut (sau nu a apărut încă), atât de strict, încât acestea ar putea fi clasificate ca controale în acel moment specific. În schimb, foarte puține eșantioane de control au fost clasificate greșit ca rbST. Atunci când nu este disponibil niciun set de teste, ca în cazul de față, metoda de validare încrucișată este principala strategie de evaluare a calității unui model. Rezultatele procedurii de validare încrucișată sunt rezumate prin valoarea diferiților parametri de calitate., În acest studiu, modelul multivariat OPLS a prezentat următoarele caracteristici: R2(X) = 0,6, R2(Y) = 0,4 și Q2 = 0,3. Modelul explică 60% din variația spațiului x și 40% din variația spațiului y, Iar bunătatea predicției este de 30%. Aceste valori indică o descriere relativ bună a datelor după model și predictibilitate medie34. Valoarea p calculată din CV-ANOVA a fost de 3,01 × 10-7, sugerând existența unor diferențe semnificative între cele două clase ale modelului., Faptul că acest model a fost construit cu un panou de gene cu abilități diferite de discriminare nu trebuie ignorat, deoarece afectează puterea discriminatorie a OPLS. În plus, acele zile experimentale cu foarte puțin sau deloc efect rbST asupra transcrierilor lor influențează cu siguranță modelul, deoarece în practică aparțin unui grup, dar acționează ca celălalt., În viitoarele modele multivariate de screening, trebuie utilizat un grup de gene extrem de discriminatorii selectate și, de preferință, probele „cunoscute” și „necunoscute” care urmează să fie proiectate în modelul multivariat vor aparține populațiilor similare (vârstă, rasă etc.) și momentele de lactație, în încercarea de a depăși variabilitatea interindividuală a animalelor35. În acest tip de abordări, este de asemenea important ca populația predictivă să fie mai mare decât probele prezise. În cele din urmă, motivele discriminării pe OPLS-DA au fost investigate în parcela s corespunzătoare (Fig., 6B), care a relevat contribuția fiecărei variabile (transcrierea genei) la separarea celor două clase de probe. Așa cum s-a comentat în secțiunile anterioare, transcripția cea mai discriminantă în MSC a fost găsită în genele CCND1, IGF-1R, TNF și IL-1β. Se pare clar că tratamentele rbST declanșează o ajustare a acestor gene, iar utilizarea lorîn viitoarele panouri de monitorizare este o opțiune promițătoare pentru controlul de rutină în produsele lactate.,

Figura 6

OPLS-DA scatter plot (o) construite folosind trasncriptomic profile din celulele somatice din lapte, care arată o discriminare între control (N = 3; cercuri negre) și gru (N = 6; puncte roșii) animale, etichetat în conformitate cu cele experimentale zi (fiind ziua 0 ziua 1 doză în gru grup). S-plot (b) asociat analizei discriminante OPLS, evidențiind genele mai afectate de rbST în colțul din dreapta sus al parcelei și, prin urmare, cu o putere discriminatorie mai mare.,ca într-un control de rutină pentru a detecta utilizarea ilicită a rbST cu acest panou de gene, nu ar exista informații despre momentul în care vacile au fost tratate (cu alte cuvinte, este un test orb), în mod ideal în fiecare zi în timpul alăptării ar trebui să fie prelevate/controlate. Cu toate acestea, din punct de vedere practic, această sugestie pare puțin nerealistă. Ceea ce se propune este o colecție aleatorie de lapte o dată pe săptămână, alternând zilele săptămânii., Deoarece somatotropina este administrată în mod regulat pe toată durata alăptării (începând cu 80-100 zile postpartum, bi-săptămânal), la toate vacile care alăptează din fermă, cu un plan de eșantionare bun, la un moment dat rbST trebuie detectat în fermă. Datele transcriptomice obținute din eșantioanele colectate trebuie comparate cu un set de date transcriptomice de la o populație de control. Probele care au prezentat valori mai mari ale genelor propuse în această lucrare ar trebui considerate suspecte. Al doilea pas ar trebui să fie investigarea situației particulare a fiecărei vaci „pozitive” (mastită, sarcină etc.,), și, dacă este necesar, să continue analiza de confirmare. Este important să se evidențieze, de asemenea, capacitățile mari de transfer ale acestei abordări PCR în timp real, făcând posibil planul de eșantionare.

Lasă un răspuns

Adresa ta de email nu va fi publicată. Câmpurile obligatorii sunt marcate cu *