Welcome to Our Website

Spåra rekombinant bovint somatotropin ab(använd) genom trankriptomik: potentialen hos nötkreatur somatiska celler i en multi-dos longitudinell studie

Effekt av rbST på mjölkavkastning

plats för Tabell 2 visar en sammanställning av mjölkavkastningen för rbST och kontroll grupper, uttryckt som medelvärde och standardavvikelse för produktion av mjölk (Kg per dag) under varje behandlingscykel, liksom produktion skillnaden mellan de båda grupperna (% av extra mjölk som produceras av rbST grupp i jämförelse med kontroll djur)., Från cykel 0 till cykel 3 verkar mjölkproduktionen öka i båda grupperna, vilket möjligen indikerar att djuren ännu inte hade nått sin topp av laktation. Även om den första dosen av rbST administrerades cirka 2 månader efter partum, som rekommenderas av tillverkaren, är det viktigt att notera att denna rekommendation är baserad på matematiska modeller som lokaliserar mjölkproduktionstoppen vid 60-90 dagar efter förlossningen., Dessa modeller är dock endast teoretiska metoder och dagar i mjölk (DIM) vid mjölktoppen har en stor variation mellan besättningar och kor, vilket bland annat beror på välfärd och utfodring37. Från cykel 4 till slutet av studien kunde en minskning av mjölkproduktionen hos kontrollkor skymtas medan de rbST-behandlade djuren tycktes behålla sin produktion relativt konstant på 30-35 kg genomsnitt av mjölk per dag, vilket visade en uppenbar minskande tendens endast när hormonbehandlingen stoppades (cyklerna 14, 15 och 16)., Vid denna tidpunkt återgick de produktionsskillnader som observerades mellan grupperna till nivåer som var mycket nära dem som observerades vid cykel 0. Det är anmärkningsvärt att mjölkproduktionen var betydligt högre i rbST-gruppen än i kontrollen under hela studien, utom under cykel 6 när dessa djur endast producerade 5% mer än kontrollpersoner (Tabell 2). På grundval av det varannan vecka rekommenderade mönstret för rbST, dag 70, skulle gruppen av behandlade djur ha fått en ny dos rekombinant tillväxthormon., Den dosen tillämpades dock inte för att kunna utvärdera om rbST-gruppen kunde återställa den transkriptionella profilen före dos efter 28 dagar utan hormonell administrering (Fig. 1). Möjligen på grund av denna brist på hormon försvann de statistiskt signifikanta skillnaderna i mjölkproduktionen mellan de två grupperna, vilket belyste effekterna av ringpärmsmekanismer på mjölkproduktionsnivåerna (Tabell 2). På dag 84 administrerades rbST igen och de betydande skillnaderna i mjölkproduktionen mellan de två grupperna återkom (24%)., En största skillnad på 43% mer mjölk hos behandlade djur med avseende på kontrollkor observerades vid cykel 12, båda relaterade till en bibehållen produktion på grund av ringpärmsmekanismer och ett naturligt minskande mönster hos kontrollhondjur. Märkligt nog kvarstod dessa signifikanta skillnader fram till slutet av studien, till och med nästan två månader efter den sista dosen (12: e dosen, dag 168) administrerades (Tabell 2).

Tabell 2 mjölkavkastning i behandlad (N = 6) och kontrollgrupp (N = 3) längs studien.,

rna isolering från nötkreatur somatiska celler

MSCs är lätt att samla källa till RNA för genuttryck studier, eftersom dessa celler kan isoleras från obehandlad mjölk efter ett mycket enkelt protokoll. Dessutom är provsamling billig och icke-invasiv, eftersom mjölk kan samlas in i mjölkningsrummet utan direkt kontakt med djuret och därför utan att orsaka stress för det som kan förändra de erhållna resultaten. I denna studie hade rbST-behandlingen ingen signifikant effekt (P = 0.,099) på den mängd RNA som isolerats från MSCs, med en medelkoncentration på 120,69 ± 68,31 µg mL-1 i prover från rbST-gruppen och 132,36 ± 68,86 µg mL−1 i prover från kontrollgruppen. Medelvärdet för förhållandet a260 / 280 var 1, 766 ± 0, 095. Det är möjligt att ett reningssteg med spinnkolumner ökade förhållandet a260 / 280 och därför renheten hos RNA-proverna. Även om införandet av detta steg ökar provpriset i rutinanalys, tillåter det att erhålla prover med högre renhet. Det genomsnittliga RIN-värde som observerades för de analyserade proverna var 6, 88 ± 0.,82 vissa faktorer kan påverka provens integritet. De prover som användes i denna studie var bovint somatiska celler isolerade från mjölk. Mjölk kännetecknas av en komplex mikrobiota och Rnaser som härrör från att microbiota kan vara ansvarig för en lägre rna-integritet. Dessutom kan vissa somatiska celler som finns i mjölk delvis försämras. Dessa fakta observerades också i en studie som använde bovint vaginalt smet för transcriptomics studier i syfte att hitta biomarkörer för att spåra missbruk av anabola agenter38., Dessutom kan processen med mjölkning, mjölksamling och transport till labbet, trots att det utförs så snabbt som möjligt, påverka rna-integriteten.

effekt av rbST på somatotropa axelgener

en uppsättning av 18 gener (Tabell 1) valdes för att utforma OpenArray® – plattorna som användes i denna studie. Detta urval baserades på dessa geners potential att erhålla en karakteristisk rbST-transkriptomisk signatur som kunde användas som standard för att kontrollera AB (användning) av rbST hos mjölkboskap., Tidigare genuttrycksstudier med rbST utformades som singeldosstudier och singelprovtagningsstudier i post-mortem mammary tissue27 eller multidosstudier (fem doser) med blod-och muskelprovtagning i vivo31. Dessa metoder anses invasiva, relativt dyra och därför opraktiska för kontrolländamål på mjölkgårdar. När det gäller somatotropin måste kontrollen utföras in vivo, eftersom det slutliga målet är att undvika att rbST-mjölk kommer in på mejerimarknaden.,

i denna studie upptäcktes uttrycket av IGF-1 endast vid alla provpunkter i en ko (ko 7) som behandlades med rbST och det var inte detekterbart i kontrollgruppens MSCs. Det faktum att det endast var möjligt att upptäcka IGF – 1-målet vid alla provpunkter i en ko kan indikera förekomsten av olika lokala bröstkörtelreaktioner på exogena rbST bland individer. De flesta IGF-1-molekyler som finns i cirkulationen är bundna med hög affinitet till en eller flera av de sex kända IGF-1-bindande proteinerna (IGFBP–1-6) som modulerar biotillgängligheten av IGF-1 i målvävnader39., Tidigare studier har observerat att rbST starkt påverkar uppreglering av IGFBP-5 i skelettmuskulaturen av cattle31 och downregulates IGFBP-3 i brösten tissue32. Men i denna studie upptäcktes transkript av varken IGFBP-3 eller IGFBP-5 när som helst. Detta resultat kan bero på att MSCs huvudsakligen består av leukocyter40 där IGFBP: s repressiva effekt kanske inte är lika viktig som i bröstvävnad. Därför kasseras både IGF-1-och IGF-1-bindande proteiner som potentiella markörer i somatiska celler i denna studie.,

en annan nyckelkomponent i den somatotropa axeln är IGF-1-receptorn (IGF-1R) som är den primära signalreceptorn för IGF-1 som förmedlar de flesta av dess biologiska effekter. På dag 1 rbST grupp (0.348 ± 0.131) hade en signifikant (P < 0.001) högre relativa förekomsten av IGF-1R än kontrollgruppen (0.0898 ± 0.0486). Olika studier som utvärderade koncentrationen av rbST i blod efter administrering observerade att de högre koncentrationerna av detta rekombinanta hormon hittades efter rbST-administrering14, 15., De signifikanta skillnader som observerats i den behandlade gruppen kan därför bero på ett svar på IGF-1 syntetiserat som svar de högre koncentrationerna av rbST hos behandlade kor efter första dostillförsel. I Fig. 2 kan det observeras att den relativa överflöd av IGF-1R för de två första cyklerna av rbST-administrering också var signifikant högre i rbST-gruppen än i kontrollgruppen i många provpunkter. Märkligt nog, på dag 84 i studien var den relativa överflöd av IGF-1R liknande i rbST-gruppen (0,070 ± 0,057) och i kontrollgruppen (0,10 ± 0,030)., Denna dag sammanföll med den sjätte administreringen av rbST, och mellan denna dos och den femte dosen fanns ett mellanrum på 28 dagar istället för 14 dagar. Därför är det möjligt att rbST-gruppen återhämtade den fysiologiska nivån av IGF – 1R efter flera dagar utan rbST, vilket visar till och med återtagseffekter av nedreglering på IGF-1R-transkription. Dessa resultat tyder på att IGF-1R är en möjlig god kandidat för att ingå i en panel av gener för att upptäcka användningen av rbST i mjölkgårdar., Även om andra författare inte fann någon signifikant effekt av rbST på IGF – 1R-nivåer i skelettmuskler31, observerades i denna studie ett tydligt svar i nivåerna av detta receptorutskrift i MSCs. I denna mening kan leukocyter, neutrofiler och monocyter producera tillväxthormon och IGF-1 och uttrycka sina receptorer som indikerar att IGF-1/IGF-1R-signalvägar kan utöva regulatoriska funktioner på immunsystemet inklusive immuncellproliferation41,42. Skillnaden mellan de två studierna kan bero på de olika matriser som används., MSCs skulle möjligen kunna svara bättre på de högre nivåerna av cirkulerande IGF-1 och öka antalet receptorer för denna molekyl i deras membran

Figur 2

relativ överflöd av IGF-1R och CCND-1 i den första och andra cyklerna av rbST-administrering i kontrollsystemet.grupp (N = 3) och behandlad grupp (N = 6). Det icke–parametriska Mann-Whitney U-testet användes för att jämföra mjölkavkastningen i varje cykel mellan behandlad och kontrollgrupp., Asterisker representerar statistiskt signifikanta skillnader mellan behandlad grupp och båda kontrollgrupperna. *(p < 0.05), **(p < 0.01), ** * (p < 0.001).

effekten av rbST på immunsystemrelaterade gener

tumörnekrosfaktor (TNF) och interleukin-1β (IL-1β) är två cytokiner som är nära relaterade till immunsystemet43., På grund av förmodligen deras förhållande var det möjligt att identifiera liknande trender i den relativa överflöd av TNF och IL-1β-transkript under hela studien. RbST-administrationen provocerade en signifikant ökning av den relativa överflöd av TNF och IL-1β-transkript. Det är värt att nämna att på dagarna 9, 23 och 35 var TNF: s och IL-1β: s relativa överflöd betydligt högre i rbST-gruppen jämfört med kontrollgruppen (Fig. 3). Dessa dagar motsvarar den andra veckan av rbST cykler, cirka 7-9 dagar efter injektioner av Lactotropina®., Därför är det möjligt att transcriptomic förändringar som orsakas av rbST i dessa två cytokiner är mer påtagligt i andra veckan av en rbST cykel. Märkligt nog, på dag 84 (28 dagar efter den 5: e rbST-administrationen) fanns det inga signifikanta skillnader mellan grupper (Fig. 3). I detta sammanhang har andra tidigare studier använt kraftfull transkriptomisk teknik för att upptäcka användningen av anabola medel i cattle26, 38., Dessa studier observerade också en ökad transkription av IL-1β, en av dem signifikant26, och detta är mycket intressant eftersom den hänvisade studien använde blodkroppar som kompositionen är mycket lik den hos MSCs, eftersom de har en hög andel vita blodkroppar. De tidigare nämnda studierna fann emellertid inte någon effekt av anabola medel på TNF, medan den nuvarande forskningen fann ett starkt inflytande av rbST-administrering på den relativa överflöd av TNF., I detta avseende har det rapporterats att den exogena administreringen av rbST under amning kan förbättra immunsvaret hos ko44. Mjölk somatiska cellantal ökade faktiskt tidigare och snabbare hos kor som lider av koliforme mastit när rbST administrerades45. Tillväxthormon och dess rekombinanta version visar förmågan att modulera den inflammatoriska reaktionen och neutrofilförsvaret av den nötkreatur lakterande bröstkörteln i hälsa och sjuka koar45. Detta skulle kunna förklara uppregleringen av TNF och IL-1β hos rbST-behandlade kor.,

i screeningstudier med transcriptomics är det mycket svårt att hitta en specifik gen som kan användas som mycket pålitlig gen. Det bör noteras att både IL-1β och TNF kan uppregleras i andra processer som subklinisk mastitit46,47. Olika studier som genomförts i USA har visat att stora gårdar är mer benägna att anta rbST, vilket tyder inte bara på en potentiell jordbruksstorlekskomponent i användningen av ringpärmsmekanismer och lönsamhet utan också en operatör (ålder och utbildning) komponent48,49., Rekombinant somatotropin har ofta rapporterats som en hanteringsintensiv teknik, i samband med användning av annan produktivitetsorienterad teknik och förvaltningsmetoder som är karakteristiska för större gårdar, som är mindre frekventa bland betear49,50. I denna mening orsakar subklinisk mastit en minskning av mjölkproduktionen hos drabbade koar51. Därför bör det vara intressant att kombinera data från transkriptomiska analyser med mjölkproduktionsdata., Det kan också åtföljas av en mjölk mikrobiologisk analys av misstänkta kor för att detektera de viktigaste patogenerna i samband med subklinisk mastit. Men det som verkligen ökar risken för diskriminering är att fler gener inkluderas i panelen.

effekt av rbST på cellcykel, proliferation, differentiering och vidhäftning

det är känt att rbST ökar mjölksyntesen genom att öka omsättningen (proliferation/apoptos) och aktiviteten hos Bröst epitelceller, vilket indikerar att rbST påverkar metaboliska vägar som reglerar cellomsättning/cykel och metabolism52., Cellcykeln styrs av cykliner och cyklinberoende kinaser. Av dessa koordinerar cyklin d (endoderad av CCND1-genen) cellcykelprogression genom extracellulär stimulering (t.ex. tillväxtfaktor, näringstillgänglighet) och driver G1 till s-fasprogression vilket resulterar i cellmitos. De flesta vuxna celler upprätthålls dock i ett tyst tillstånd som kallas G0-fas, ett vilande tillstånd, och de kan åter komma in i cellcykeln i G1-fas under lämplig mitogen stimuli53. I denna studie konstaterades att rbST behandling starkt påverkar CCND1 transkription., Före den första dosen av rbST fanns inga signifikanta skillnader mellan kontroll-och rbST-grupperna (Fig. 3). Efter den första dosen var det emellertid möjligt att observera signifikanta skillnader mellan de två grupperna vid olika provpunkter. Den relativa förekomsten av CCND1 var betydligt högre i rbST gruppen än i kontrollgruppen i de två första cyklerna av rbST behandling (Fig. 2). Denna effekt verkar vara särskilt tydligt 9 dagar efter rbST administration, likaså att TNF och IL-1β avskrifter., Således var den relativa överflöd av CCND1 på dagarna 9, 23 och 35 i studien signifikant högre i rbST-gruppen än i kontrollgruppen (Fig. 3). Slutligen, på dag 84 (28 dagar efter den 5: e rbST-administrationen) fanns inga signifikanta skillnader mellan grupper (Fig. 3) som i fallet med cytokinerna. Också, på den sista dagen (219) om provtagning (51 dagar efter den sista rbST doser), det fanns inga signifikanta skillnader (P > 0.05) mellan rbST grupp (0.433 ± 0.141) och kontrollgruppen (0.430 ± 0.178)., Därför orsakar den exogena administreringen av rbST en överexpression av CCND1. Detta kan resultera i aktivering av cellen i G0-fasen, och i det speciella fallet med bröstvävnad, en ökning av mjölkproduktionen genom att öka antalet alveolära celler av bröstkörtel54.

andra gener relaterade till cellcykeln är tumörprotein D52-liknande 2 (TPD52L2) och sirtuin 2 (SIRT2). På ett liknande sätt som det som observerats för CCND1, TNF och IL-1β, var det möjligt att hitta en signifikant högre (P < 0.001) relativ förekomst av SIRT2 avskrifter i rbST grupp (1.,517 ± 0.199) än i kontrollgruppen (0.506 ± 0.250) på dag 23 i studien, men i detta fall bara under den andra cykeln av rbST administration (Fig. 4). Ökade nivåer av CCND1 och SIRT2 avskrifter efter den andra förvaltningen av Lactotropina® i den behandlade gruppen kan vara resultatet av att en effekt av exogena rbST på cellcykeln. Cirkulationen av detta peptidhormon i organismen skulle resultera i aktivering av cellcykeln i målcellerna., I de andra rbST-cyklerna var förhållandet mellan dosadministrering och förändringar i den relativa mängden SIRT2-transkript emellertid inte lika tydligt som i den andra dosen. I tillägg till det ovan sagda, är det anmärkningsvärt att den behandlade gruppen presenterade en betydligt högre relativ förekomst av TPD52L2 avskrifter (P < 0.05) under 4 dagar efter första rbST administration. En annan komponent som är inblandad i cellmetabolism genom sin relevanta roll i översättning är eukaryotisk töjningsfaktor 1 gamma (eef1g).,

Figur 4

utveckling av den relativa överflöd av vissa målgener under alla provpunkter i studien i rbST-behandlad grupp (N = 6) och kontrollgrupp (N = 3).

i denna studie följde den relativa överflöd av eef1g-transkript inte en uppenbar tendens i samband med rbST-administrationen., På dagarna 17 och 30 (3 respektive 2 dagar efter den andra respektive tredje rbST-doserna) var den relativa överflöd av eef1g-transkript signifikant högre i rbST-gruppen. En tidigare studie27 drog slutsatsen att rbST-behandling ökar nivåerna av EEF1G-transkript i bröstvävnad, men det använde bara en provpunkt 6 dagar efter somatotropinadministrering. Därför är det inte möjligt att direkt jämföra dessa resultat med de resultat som erhållits i denna studie, där 36 provpunkter användes för transkriptomiska analyser under loppet av 8 månader., En annan gen som ingår i denna studie är mjölkfett globule-EGF-faktor 8 protein (MFGE8). I Fig. 4, Det är möjligt att observera att den relativa överflöd av MFGE8 i rbST-gruppen hade stor variation mellan provtagningsdagar. I synnerhet McCoard et al.27 observerade att den relativa mängden MFGE8 i bröstvävnad hos nötkreatur var högre 6 dagar efter administrering av rbST. Som tidigare nämnts inkluderade denna studie endast en datapunkt efter en enda rbST-dos., Det nuvarande långtidsexperimentet med flera doser har visat att transkriptionsmönster hos nötkreatur som behandlats med ringpärmsmekanismer har stor variation över tiden. Till exempel visade data som erhållits för CCND1 att effekten av rbST på transkriptionen av vissa gener ökar med antalet doser. Även om det är möjligt att rbST påverkar transkriptionen av MFGE8-genen, visade erhållna resultat både upp-och nedreglering., MFGE8 kan därför inte föreslås som en idealisk kandidat för spårning av användning av ringpärmsmekanismer (AB) hos nötkreatur, eftersom det inte var möjligt att observera en tydlig tendens i transkriptionen. En annan gen relaterad till cell vidhäftning utvärderad i denna studie är catenin alfa-liknande 1 (CTNNAL1). Det var emellertid inte möjligt att hitta signifikanta skillnader i transkriptionen som ett resultat av rbST-administrationen.

andra gener

laktoferrin (LTF) är ett järnbindande glykoprotein som tillhör transferrinfamiljen55., Figur 4 visar utvecklingen av LTF-genens relativa överflöd vid alla provpunkter som utvärderas i denna studie. Även om uppreglering av LTF observerades i tidigare studier med anabola substanser i cattle38, var det inte möjligt att fastställa en tydlig tendens för LTF i förhållande till rbST-behandling. Till exempel, på dagarna 9 och 53, den relativa överflöd av LTF betydligt lägre i rbST-behandlade djur. Men på dag 91 var den relativa överflöd betydande högre i den gruppen. Det är nödvändigt att diskutera de resultat som erhållits för kollagen typ III α 1 (COL3A1) gen., I en tidigare studie drogs slutsatsen att behandlingar med rbST hos mjölkboskap orsakar reglering av COL3A1-genen i bröstvävnad 6 dagar efter rbST-administrering27. Men i det nuvarande arbetet var det inte möjligt att upptäcka transkript av COL3A1-genen. Även ESR2 transkription detekterades inte i denna studie.

en panel av gener för att övervaka rbST (ab)användning i mjölkboskap

det slutliga syftet med detta arbete var att föreslå en rutinpanel av gener vars kombinerade transkriptionsmönster skulle möjliggöra utveckling av en screeningmetod för att kontrollera missbruk av ringpärmsmekanismer i mjölkgårdar via MSCs., Till skillnad från andra tidigare studier27,31,32, analyserade detta arbete transkriptionsmönstren för rbST-relaterade gener i ett 8 månaders försök med verkliga förhållanden, inklusive 12 cykler av rbST-administrering och kontrolldjur. Detta tillvägagångssätt gjorde det möjligt att få mer exakta uppgifter för att skilja mellan rbST-behandlade kor och kontrollkor.

multivariat statistisk analys kördes för att belysa modifieringar i MSCs transkriptionsmönster som en följd av rbST-administrationen., För detta ändamål, endast utskrift av nio gener som var framgångsrikt, mätt under hela experimentet (IGF1R, CCND1, TNF, IL1ß, SIRT2, EEFG1, MFEG8, LTF, TDP52L2) användes, med undantag för sådana gener som endast uttrycks i mycket få fall/prover. Huvudmålet med PCA-analys är att identifiera globala mönster i data, detektera korrelationen mellan olika variabler, dvs i detta speciella fall transkriptioner av olika gener., Projektion av proverna i det nya flerdimensionella utrymmet för huvudkomponenterna (PCs) skulle potentiellt möjliggöra en differentiering mellan rbST och kontrollgrupper, vilket också belyser de gener med större förmåga som biomarkörer av behandlingen. I poängplotten för PCA-analysen som visas i Fig. 5, en grupperingstendens kan ses i de två grupperna av MSC-prover, med rbST-behandlade djur identifierade som röda cirklar och kontrolldjur som svarta lådor och märkta enligt försöksdagen., Olika prover av rbST-gruppen föreföll blandas med kontroller på vänster sida av tomten, men märkligt nog, de flesta av dem motsvarar en dag av somatotropin administrering (dagar 14, 28, 57 eller 84) eller till de första 2-3 dagarna efter en dos (dagar 2, 3, 17, 44 eller 115), där en uppenbar transkriptomisk störning inte detekterades. Tvärtom kan mycket få kontrolldjur klassificeras som behandlade kor på partnerskaps-och samarbetsavtalet, och deras situation förklaras av extrema värden, särskilt dåligt diskriminerande gener som LTF, MFGE8 eller SIRT2.,

Figur 5

PCA plot byggd med fullständiga transkriptomiska profiler av mjölk somatiska celler (MSC), där en diskriminering mellan kor som behandlas med rbST (N = 6, röda cirklar) och kontrolldjur (N = 3; svarta lådor) kan vara glimt. MSC-prover är märkta enligt experimentdagen, som är dag 0 dagen för den första rbST-dosen hos behandlade djur.,

de transkriptomiska profilerna utsattes också för en OPLS-DA, från vilken potentiella diskriminativa gener också påpekades. I Fig. 6A, den visuella representationen av den multivariata modellen visas, med MSC-prover från kontrolldjur plottade som svarta rutor och prover från rbST-gruppen som röda cirklar. På ett liknande sätt som PCA projiceras flera rbST-prover bland kontrollprover på ellipsens vänstra sida., Dessa prover samlades emellertid in när den transkriptomiska störning som orsakas av rbST hade försvunnit (eller ännu inte dykt upp), så strikt kunde de klassificeras som kontroller i det specifika ögonblicket. Omvänt var mycket få kontrollprover felaktigt klassificerade som rbST. När det inte finns någon testuppsättning, vilket är fallet här, är korsvalideringsmetoden den viktigaste strategin för att bedöma kvaliteten på en modell. Resultaten av korsvalideringsförfarandet sammanfattas med värdet av olika kvalitetsparametrar., I denna studie visade OPLS multivariatmodellen följande egenskaper: R2 (X) = 0,6, R2(Y) = 0,4 och Q2 = 0,3. Modellen förklarar 60% av variationen i X-space och 40% av variationen i y-space, och förutsägelsens godhet är 30%. Dessa värden anger en relativt god beskrivning av data enligt modellen och den genomsnittliga förutsägbarheten34. P-värdet beräknat från CV-ANOVA var 3,01 × 10-7, vilket tyder på att det finns betydande skillnader mellan de två klasserna i modellen., Det faktum att denna modell byggdes med en panel av gener med olika diskriminerande förmåga bör inte ignoreras, eftersom det påverkar OPLS diskriminerande kraft. Dessutom är de experimentella dagarna med mycket liten eller ingen rbST-effekt på deras transkript definitivt förspända modellen eftersom de i praktiken tillhör en grupp men fungerar som den andra., I framtida multivariata screeningsmodeller måste en panel av utvalda högdiskriminativa gener användas, och helst kommer” kända ”och” okända ” prover som projiceras i den multivariata modellen att tillhöra liknande populationer (ålder, ras etc.) och amning stunder, i ett försök att övervinna interindividuella djur variabilitet35. I denna typ av tillvägagångssätt är det också viktigt att den prediktiva befolkningen är större än de förutsagda proverna. Slutligen undersöktes orsakerna till diskriminering på OPLS-DA i motsvarande s-plot (Fig., 6b), som avslöjade bidraget från varje variabel (gentranskription) till separationen av de två provklasserna. Som kommenterats i tidigare avsnitt hittades den mest diskriminerande transkriptionen i MSC i CCND1, IGF-1R, TNF och IL-1β-gener. Det verkar klart att rbST-behandlingar utlöser en uppreglering av dessa gener och deras användning i framtida övervakningspaneler är ett lovande alternativ för rutinkontroll i mejeri.,

Figur 6

OPLS-DA scatter plot (a) konstruerade med hjälp av trasncriptomic profiler från mjölk somatiska celler, visar en diskriminering mellan kontroll (N = 3; svarta cirklar) och rbST (N = 6; röda prickar) djur, märkta i enlighet med den experimentella dag (är dag 0 dag 1 dos i rbST grupp). S-plot (b) associerad med opls-diskriminantanalysen, vilket belyser de gener som påverkas mer av rbST på det övre högra hörnet av tomten och därmed med en högre diskriminerande kraft.,

som i en rutinkontroll för att upptäcka olaglig användning av rbST med denna genpanel skulle det inte finnas någon information om när kor har behandlats (med andra ord är det en blind analys), helst varje dag under amning bör provtas / kontrolleras. Men ur praktisk synvinkel låter detta förslag lite orealistiskt. Vad det föreslås är en slumpmässig samling mjölk en gång per vecka, alternerande veckodagar., Som somatotropin administreras regelbundet under hela amning (start 80-100 dagar postpartum, varannan vecka), i alla lakterande kor på gården, med en bra provtagningsplan, vid någon tidpunkt bör rbST detekteras på gården. De transkriptomiska data som erhållits från de insamlade proverna måste jämföras med en transkriptomisk dataset från en kontrollpopulation. De prover som presenterade högre värden av gener som föreslås i detta dokument bör betraktas som misstänkta. Det andra steget bör undersöka den speciella situationen för varje ”positiv” ko (mastit, graviditet etc.,), och, om så krävs, fortsätta att bekräftande analys. Det är viktigt att också lyfta fram hög kapacitet genomströmning av denna realtids PCR-strategi, vilket gör det möjligt provtagningsplanen.

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras. Obligatoriska fält är märkta *