På død af deres far, Kejser Huayna Capac, og deres ældre bror, Ninan Cuyochi, der havde været den arving, de rige blev delt mellem de to overlevende brødre, Huáscar, og Atahualpa. Huascar fik størstedelen af det med hovedstaden Cusco, og Atahualpa de nordlige dele, herunder .uito (nu hovedstaden i Ecuador). I et par år regerede de to brødre uden problemer. Men Huascar krævede, at Atahuallpa sværger en ed til ham. Atahuallpa nægtede, og borgerkrigen begyndte.,
kejser Atahuallpa under Slaget ved Cajamarca
det sidste slag fandt sted i .uipaipan, hvor Huascar blev fanget. Atahuallpa hvilede i byen Cajamarca i Andesbjergene med sin hær af 80.000 tropper på vej mod syd og Cusco at kræve sin trone.
på dette tidspunkt havde den spanske con .uistador Francisco pi .arro etableret byen Piura, den første spanske bosættelse i Peru i Juli 1532., Efter to måneder på march, Pizarro var ankommet til Cajamarca, med blot 168 mænd under sin kommando, og sendte Hernando de Soto, friar Vicente de Valverde og indfødte tolk Felipillo til at tale med Atahuallpa om den spanske tilstedeværelse.
de spanske udsendinge vendte tilbage til Pi .arro, som forberedte et overraskelsesangreb mod Atahuallpas hær i det, der blev slaget ved Cajamarca den 16.November 1532.
i henhold til spansk lov erklærede spanskerne officielt krig mod Inca-folket., Da atahuallpa koldt spurgte præsten Valverde, af hvilken autoritet han og hans folk kunne sige sådanne ting, tilbød Valverde ham en bibel og sagde, at autoriteten kom fra ordene i den. Han undersøgte det og spurgte derefter, hvorfor talte det ikke til ham. Han kastede det derefter til jorden. Det gav spanierne den undskyldning, de havde brug for at føre krig mod inkaerne. De åbnede ild, og i løbet af 2 timer blev mere end to tusinde Inca-soldater dræbt. Den spanske derefter fængslet atahuallpa i templet for solen.,
Spanierne udførelse Tupac Amaru i 1572, tegning af Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa stadig ikke kunne tro den spanske beregnet til at tage kontrol over sit kongerige. Han troede, at hvis han gav dem det guld og sølv, de søgte, ville de forlade. Til gengæld for hans frigivelse accepterede han at fylde et stort rum med guld og lovede spanskerne to gange det beløb i sølv., Selvom han var bedøvet af tilbudet, havde pi .arro ikke til hensigt at frigive inkaerne, fordi han havde brug for herskerens indflydelse på de indfødte folk for at opretholde orden i det omkringliggende land.
men så besluttede pi .arro at få ham henrettet, fordi han frygtede, at han kunne blive befriet af en Inka-General. Pi .arro iscenesatte en hånlig retssag og fandt atahuallpa skyldig i at gøre oprør mod spanierne og myrde Huscscar, hans egen bror. Atahuallpa blev dømt til henrettelse ved brænding., Han var forfærdet, da Inca troede på, at sjælen ikke ville kunne gå videre til efterlivet, hvis kroppen blev brændt. Friar Vicente de Valverde, der tidligere havde tilbudt Bibelen til Atahuallpa, greb igen ind og fortalte atahuallpa, at hvis han accepterede at konvertere til kristendommen, ville han overbevise resten om at pendle sætningen. Atahualpa accepterede at blive døbt i den kristne tro. Han fik navnet Juan Santos Atahualpa og blev derefter kvalt med en garrote i stedet for at blive brændt. Atahuallpa døde den 29. August 1533.,Atahuallpa blev efterfulgt af sin bror, den puppet Tupac Inca Huallpa, og senere af en anden bror, Manco Inca Yupanqui.
