rolle i bevarelse og bevarelse
allerede i 1876 opfordrede Muir den føderale regering til at vedtage en skovbevaringspolitik. Han blev en central figur i debatten om arealanvendelse, talsmand på vegne af jord konservering primært gennem artikler, der er offentliggjort i populære tidsskrifter, såsom Atlantic Monthly, The Century Magazine, og Harper ‘s Nye Månedlige Magasin (nu Harper’ s Magazine). Selv om Gifford Pinchot, en pioner i USA, oprindeligt fandt fælles fodslag i ID ideaserne om skovbeskyttelse, skovbrug og bevaring, Muirs synspunkter divergerede i sidste ende. Mens Pinchot støttede bæredygtig udnyttelse af ressourcerne inden for de nationale skove, mente Muir, at nationalparker og skove bør bevares i deres helhed, hvilket betyder, at deres ressourcer bør gøres uden for industrielle interesser. Selvom se .uoia og Yosemite nationalparker blev oprettet i 1890, hvilket repræsenterer en sejr for miljøbeskyttelse, var debatten mellem Pinchots utilitaristiske tilgang til skovbrug og Muirs konserveringsmetode langt fra forbi.,
den 28.maj 1892 grundlagde Muir Sierra Club, en organisation, der var afsat til beskyttelse af miljøet. Han tjente som sin første præsident, en stilling han havde indtil sin død i 1914. Sierra Club Bulletin, en publikation for organisationens medlemmer, gav et vigtigt afsætningsmulighed for Muir, hvilket gjorde det muligt for ham gennem hans skrivning at øge bevidstheden om miljøspørgsmål.
tidligt i 1897 udpegede den amerikanske præsident Grover Cleveland 13 nationale skove, der skal bevares fra kommerciel udnyttelse. Forretningsinteresser fik imidlertid Kongressen til at udsætte virkningen af denne foranstaltning., Muirs skrifter viste sig i sidste ende indflydelsesrig i at svinge den offentlige mening såvel som Kongressens mening til fordel for nationale skovreservationer. Muir påvirkede det store bevaringsprogram, der blev indledt af præsident Theodore Roosevelt, der i 1903 ledsagede Muir på en campingtur til Yosemite-regionen. I 1908 oprettede regeringen Muir Woods National Monument i Marin county, Californien, og i 1964 blev det udpeget sit hjem i Martinez, Californien, som en national historic site., Muir ‘ s arbejde var også indflydelse på etableringen af Mount Rainier National Park (1899) i staten Washington og Grand Canyon National Park (1919) i Arizona.