Op de dood van hun vader, de Keizer, Huayna Capac, en hun oudere broer, Ninan Cuyochi, die de erfgenaam van het rijk werd verdeeld tussen de twee overgebleven broers, Huáscar en Atahualpa. Huascar kreeg het grootste deel ervan met de hoofdstad Cusco, en Atahualpa de noordelijke delen, waaronder Quito (nu de hoofdstad van Ecuador). Enkele jaren lang regeerden de twee broers zonder problemen. Maar Huascar eiste dat Atahuallpa hem een eed zou zweren. Atahuallpa weigerde en de burgeroorlog begon.,
= Keizer Atahuallpa tijdens de Slag bij Cajamarca
De laatste slag vond plaats bij Quipaipan, waar Huascar gevangen werd genomen. Atahuallpa rustte in de stad Cajamarca in de Andes met zijn leger van 80.000 man op weg naar het zuiden en Cusco om zijn troon op te eisen. tegen die tijd had de Spaanse conquistador Francisco Pizarro de stad Piura gesticht, de eerste Spaanse nederzetting in Peru op juli 1532., Na twee maanden op de Mars was Pizarro aangekomen in Cajamarca met slechts 168 man onder zijn bevel en stuurde Hernando de Soto, broeder Vicente de Valverde en native tolk Felipillo om met Atahuallpa te spreken over de Spaanse aanwezigheid. de Spaanse gezanten keerden terug naar Pizarro, die een verrassingsaanval voorbereidde op Atahuallpa ‘ s leger in wat later de Slag bij Cajamarca werd op 16 November 1532.volgens de Spaanse wet verklaarden de Spanjaarden officieel de oorlog aan het Inca Volk., Toen Atahuallpa de priester Valverde koud vroeg door welk gezag hij en zijn volk zulke dingen konden zeggen, bood Valverde hem een Bijbel aan, waarin stond dat het gezag uit de woorden kwam. Hij onderzocht het en vroeg toen waarom het niet met hem sprak. Toen gooide hij het op de grond. Dat gaf de Spanjaarden het excuus dat ze nodig hadden om oorlog te voeren tegen de Inca ‘ s. Ze openden het vuur en in de loop van 2 uur werden meer dan tweeduizend Inca-soldaten gedood. De Spanjaarden gevangen Atahuallpa in de Tempel van de zon.,
Spanjaarden executeerden Tupac Amaru in 1572, tekening door Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa kon nog steeds niet geloven dat de Spanjaarden van plan waren om zijn koninkrijk over te nemen. Hij dacht dat als hij hen het goud en zilver gaf dat ze zochten, ze zouden vertrekken. In ruil voor zijn vrijlating, stemde hij ermee in om een grote kamer met goud te vullen en beloofde de Spanjaarden tweemaal dat bedrag in zilver., Hoewel hij verbijsterd was door het aanbod, was Pizarro niet van plan de Inca ‘ s vrij te laten omdat hij de invloed van De heerser over de inheemse bevolking nodig had om de orde in het omliggende land te handhaven.maar toen besloot Pizarro hem te laten executeren omdat hij vreesde dat hij zou worden vrijgelaten door een Inca-generaal. Pizarro organiseerde een schijnproces en vond Atahuallpa schuldig aan het in opstand komen tegen de Spanjaarden en de moord op Huáscar, zijn eigen broer. Atahuallpa werd veroordeeld tot executie door verbranding., Hij was geschokt, omdat de Inca geloofden dat de ziel niet in staat zou zijn om door te gaan naar het hiernamaals als het lichaam zou worden verbrand. Broeder Vicente de Valverde, die eerder de Bijbel aan Atahuallpa had aangeboden, kwam opnieuw tussenbeide en vertelde Atahuallpa dat als hij toestemde zich tot het christendom te bekeren, Hij de rest zou overtuigen om het vonnis om te zetten. Atahualpa stemde ermee in om gedoopt te worden in het christelijk geloof. Hij kreeg de naam Juan Santos Atahualpa en werd daarna gewurgd met een wurggreep in plaats van verbrand te worden. Atahuallpa overleed op 29 augustus 1533.,Atahuallpa werd opgevolgd door zijn broer, de marionet Inca Tupac Huallpa, en later door een andere broer Manco Inca Yupanqui.
