rola w ochronie i ochronie lasów
już w 1876 roku Muir wezwał rząd federalny do przyjęcia polityki ochrony lasów. Stał się główną postacią w debacie na temat użytkowania gruntów, opowiadając się w imieniu ochrony gruntów głównie poprzez artykuły publikowane w popularnych czasopismach, takich jak Atlantic Monthly, The Century Magazine i Harper 's New Monthly Magazine (obecnie Harper' s Magazine). Chociaż początkowo znajdując wspólną płaszczyznę w ideach ochrony lasów przedstawionych przez Gifforda Pinchota, pioniera USA., leśnictwo i Ochrona, poglądy Muira ostatecznie się rozeszły. Podczas gdy Pinchot popierał zrównoważone wykorzystanie zasobów w Lasach Państwowych, Muir uważał, że parki narodowe i lasy powinny być zachowane w całości, co oznacza, że ich zasoby powinny być odcięte od interesów przemysłowych. Chociaż parki narodowe Sequoia i Yosemite zostały założone w 1890 roku, reprezentując zwycięstwo w dziedzinie ochrony środowiska, debata między utylitarnym podejściem Pinchot do leśnictwa a podejściem Muira do ochrony przyrody nie była jeszcze zakończona.,
28 maja 1892 roku Muir założył Sierra Club, organizację zajmującą się ochroną środowiska. Pełnił tę funkcję do śmierci w 1914 roku. Sierra Club Bulletin, publikacja dla członków organizacji, stanowiła ważny punkt wyjścia dla Muir, umożliwiając mu poprzez jego pisanie podnoszenie świadomości na temat kwestii środowiskowych.
Encyclopædia Britannica, Inc.
na początku 1897 roku prezydent USA Grover Cleveland wyznaczył 13 lasów narodowych do ochrony przed komercyjną eksploatacją. Jednak interesy biznesowe skłoniły Kongres do odroczenia skutków tego środka., Pisma Muira ostatecznie okazały się wpływowe w opinii publicznej, a także w opinii Kongresu na rzecz narodowych rezerwatów leśnych. Muir wpłynął na program ochrony na dużą skalę, który został zainicjowany przez prezydenta Theodore ' a Roosevelta, który w 1903 roku towarzyszył Muirowi w podróży kempingowej do regionu Yosemite. W 1908 roku rząd ustanowił Muir Woods National Monument w hrabstwie Marin w Kalifornii, a w 1964 roku wyznaczył jego dom w Martinez w Kalifornii jako national historic site., Prace Muira miały również wpływ na utworzenie Parku Narodowego Mount Rainier (1899) w stanie Waszyngton i Parku Narodowego Grand Canyon (1919) w Arizonie.