Bitwa pod Manassas
w lipcu 1861 roku rozpoczęła się inwazja wojsk Armii Federalnej na Wirginię, a brygada Jacksona ruszyła wraz z innymi wojskami Johnstona, aby zjednoczyć się z generałem P. G. T. Beauregardem na polu Bull Run w czasie, aby spotkać się z armią Federalną generała Irvina McDowella. To tutaj stacjonował swoją brygadę w silnej linii, powstrzymując nieprzyjaciela przed przeważającymi siłami przeciwnika i zdobywając „Stonewall”.,”Wiosną 1862 roku Jackson ponownie znalazł się w Dolinie Shenandoah, gdzie jego taktyka dywersyjna uniemożliwiła wysłanie posiłków do generała armii Federalnej George' a B. McClellana, który prowadził kampanię na półwyspie przeciwko Richmond, stolicy Konfederacji. Strategia Jacksona prawdopodobnie uwzględniała zwycięstwo Lee później w siedmiodniowych bitwach. Lee, ówczesny główny doradca wojskowy prezydenta Konfederacji Jeffersona Davisa, zasugerował Jacksonowi, aby użył swoich wojsk do ataku na wojska federalne w dolinie i tym samym zagroził Waszyngtonowi., Dzięki szybkiemu ruchowi Jackson zamknął się osobno z kilkoma jednostkami federalnymi i pokonał je. W kwietniu uderzył w góry Zachodniej Wirginii; następnie 24-25 maja obrócił się na generała Nathaniela P. Banksa i wypędził go z Winchesteru i z powrotem do rzeki Potomac.
następnie szybko zwrócił uwagę na południowy koniec doliny, pokonując Federałów w Cross Keys w Wirginii, 8 czerwca, i w Port Republic następnego dnia. Lee przyprowadził następnie wojska Jacksona drogą i koleją do Richmond, aby otoczyć prawe skrzydło Armii McClellana., Ale Jackson przybył dzień później, a jego reputacja straciła trochę swojego blasku, prawdopodobnie z powodu braku doświadczenia w działaniach na dużą skalę; mimo to McClellan został pobity i otrzymał rozkaz ewakuacji Półwyspu.
Lee natychmiast przyłączył się do Jacksona przeciwko przegrupowaniu sił federalnych pod dowództwem generała Johna Pope ' a. Wysłał Jacksona, szerokim ruchem okrążającym, aby zaatakował tyły sił Pope ' a i przyprowadził drugą bitwę pod Bull Run, w której Pope został ciężko pobity. Lee następnie przekroczył Potomak dla „wyzwolenia” Maryland., Aby chronić Richmond, Lee oddzielił Jacksona, aby schwytał Harpers Ferry, co uczynił na czas (13-15 września), aby dołączyć do Lee pod Antietam. Po powrocie do Wirginii Lee podzielił swoją armię na dwa korpusy, dowodzący pierwszym generałem Jamesem Longstreetem i drugim Jacksonem, obecnie generałem porucznikiem. Pod Fredericksburgiem w Wirginii, w grudniu, Jackson dowodził Konfederacką prawicą, gdy gwałtowny atak generała Federalnego Ambrose 'a E. Burnside' a został łatwo odparty i poniósł porażkę.,
w kwietniu generał Joseph Hooker, następca Burnside ' a, podjął próbę odwrócenia pozycji Konfederatów nad rzeką Rappahannock, na południe od Waszyngtonu. Tam pozornie niezwyciężony zespół Lee i Jacksona wykonał najśmielszy ruch. Zostawiając niewielki oddział, aby spotkać się z Oddziałami federalnymi na Rappahannock, Lee przeniósł swój główny korpus, w tym korpus Jacksona, aby spotkać się z zagrożoną kopertą Hookera w lasach Chancellorsville., Następnie ponownie podzielił swoją armię, zatrzymując tylko 10 000 ludzi do demonstracji przeciwko Frontowi Hookera, i wysłał Jacksona, aby potajemnie poruszał się po prawej stronie Hookera z całym swoim korpusem.