kuoleman heidän isänsä, Keisari Huayna K, ja heidän vanhempi veli, Ninan Cuyochi, joka oli ollut perillinen, imperiumi oli jaettu kahden elossa veljet, Huáscar ja Atahualpan. Huascar sai siitä pääosan pääkaupunki Cuscon ja Atahualpan pohjoisosat, mukaan lukien Quiton (nykyinen Ecuadorin pääkaupunki). Pari vuotta veljekset hallitsivat ongelmitta. Huascar kuitenkin vaati Atahuallpaa vannomaan hänelle valan. Atahuallpa kieltäytyi, ja sisällissota alkoi.,
Keisari Atahuallpa Taistelun aikana Cajamarca
lopullinen taistelu käytiin Quipaipan, jossa Huascar oli kiinni. Atahuallpa oli lepäämässä Cajamarcan kaupungissa Andeilla 80 000 sotilaan armeijansa kanssa matkalla etelään ja Cuscon vallatessa valtaistuimensa.
tähän mennessä espanjalainen konkistadori Francisco Pizarro oli perustanut Piuran kaupungin, ensimmäisen espanjalaisen siirtokunnan Peruun heinäkuussa 1532., Kahden kuukauden jälkeen maaliskuussa, Pizarro oli saapunut Cajamarca vain 168 miestä komennossaan ja lähetti Hernando de Soto, veli Vicente de Valverde ja natiivi tulkki Felipillo puhua Atahuallpa espanjan läsnäoloa.
Espanjalaislähettiläät palasivat Pizarroon, joka valmisteli yllätyshyökkäyksen Atahuallpan armeijaa vastaan Cajamarcan taistelussa 16.marraskuuta 1532.
espanjan lain Mukaan espanjan virallisesti julisti sodan Inca ihmisiä., Kun Atahuallpa kylmästi kysyi pappi Valverde, millä valtuuksilla hän ja hänen kansansa voisi sanoa tällaisia asioita, Valverde tarjosi hänelle Raamatun, sanomalla, että viranomaisen tuli sanaa. Hän tutki sen ja kysyi sitten, miksi se ei puhunut hänelle. Sitten hän heitti sen maahan. Se antoi espanjalaisille tekosyyn käydä sotaa inkoja vastaan. He avasivat tulen, ja 2 tunnin aikana yli kaksituhatta inkojen sotilasta sai surmansa. Tämän jälkeen espanjalaiset vangitsivat Atahuallpan auringon temppeliin.,
Espanjalaiset suorittamista Tupac Amaru vuonna 1572, piirros Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa silti voinut uskoa, espanjan tarkoitus hallita valtakuntaansa. Hän ajatteli, että jos hän antaisi heille sen kullan ja hopean, jota he etsivät, he lähtisivät. Vastineeksi vapautumisestaan hän suostui täyttämään suuren huoneen kullalla ja lupasi espanjalaisille kaksi kertaa saman verran hopeaa., Vaikka hän oli järkyttynyt tarjous, Pizarro ei ollut aikomustakaan vapauttaa Inca, koska hän tarvitsi hallitsija on vaikutusvaltaa alkuperäisasukkaat säilyttää, jotta ympäröivän maan.
mutta sitten Pizarro päätti teloittaa hänet, koska pelkäsi, että Inkakenraali voisi vapauttaa hänet. Pizarro järjesti mock trial ja totesi, Atahuallpa syyllistynyt kapinoivat espanjan ja murhaavat Huáscar, hänen oma veljensä. Atahuallpa tuomittiin teloitettavaksi polttamalla., Hän oli kauhuissaan, sillä Inka uskoi, ettei sielu voisi jatkaa tuonpuoleiseen, jos ruumis poltettaisiin. Veli Vicente de Valverde, joka oli aiemmin tarjolla Raamatun Atahuallpa, puuttui jälleen, kertoo Atahuallpa, että jos hän päätti kääntyä Kristinuskoon hän vakuuttaa loput commute lause. Atahualpa suostui kastettavaksi kristilliseen uskoon. Hän sai nimen Juan Santos Atahualpa, minkä jälkeen hänet kuristettiin kuristimella sen sijaan, että hänet olisi poltettu. Atahuallpa kuoli 29. elokuuta 1533.,Atahuallpa seurasi hänen veljensä, nukke Inca Tupac Huallpa, ja myöhemmin toinen veli Manco Inca Yupanqui.