Rooli suojelu ja säilyttäminen
jo 1876, Muir kehotti liittovaltion hallitus toteuttaa metsien suojelun politiikkaa. Hänestä tuli keskeinen hahmo keskustelua maankäytön, puoltaa puolesta maa säilyttäminen pääasiassa artikkeleita, jotka on julkaistu suosittu aikakauslehtien, kuten Atlantic Monthly, Century Magazine, ja Harper ’s New Monthly Magazine (nyt Harper’ s Magazine). Vaikka Gifford Pinchot, eräs Yhdysvaltain tienraivaaja, löysi aluksi yhteisen perustan ajatuksille metsien suojelusta., metsätalous ja luonnonsuojelu, Muirin näkemykset lopulta poikkesivat toisistaan. Ottaa huomioon, että Pinchot tuetaan resurssien kestävää käyttöä kansallisten metsien, Muir uskoi, että kansallispuistot ja metsät tulisi säilyttää kokonaisuudessaan, mikä tarkoittaa, että niiden resurssit pitäisi olla suoritettu off-limits teollisuuden etuja. Vaikka Sequoia ja Yosemiten kansallispuistot perustettiin vuonna 1890, eli voitto ympäristönsuojelun välinen keskustelu Pinchot on utilitaristinen lähestymistapa metsä-ja Muir on vanhoja rakennuksia suojeleva lähestymistapa oli kaukana ohi.,
Toukokuun 28.päivänä 1892 Muir perusti Sierra Clubin, ympäristönsuojeluun keskittyneen järjestön. Hän toimi sen ensimmäisenä presidenttinä, tehtävässä, jota hän hoiti kuolemaansa saakka vuonna 1914. Sierra Club Tiedotteen, julkaisun, organisaation jäseniä, edellyttäen, elintärkeä pistorasiaan Muir, jonka avulla häntä läpi hänen kirjallisesti tietoisuutta ympäristöasioista.
Varhainen vuonna 1897, YHDYSVALTAIN Presidentti Grover Cleveland nimetty 13 kansallisia metsiä on säilynyt kaupallista hyödyntämistä. Liike-elämän intressit saivat kuitenkin kongressin lykkäämään toimenpiteen vaikutusta., Muir on kirjoituksia lopulta osoittautui vaikutusvaltainen svengaava julkisen mielipiteen sekä kongressin lausunto puolesta national forest varauksia. Muir on vaikuttanut laajamittainen säilyttäminen-ohjelma, joka aloitettiin Presidentti Theodore Roosevelt, joka vuonna 1903 mukana Muir camping matka Yosemite alueella. Vuonna 1908 hallitus perusti Muir Woods National Monument Marin county, Kalifornia, ja vuonna 1964 se nimetty hänen kotiin Martinez, Kalifornia, kuten national historic site., Muirin työ vaikutti myös Mount Rainierin kansallispuiston (1899) perustamiseen Washingtonin osavaltioon ja Grand Canyonin Kansallispuistoon (1919) Arizonaan.