apjuk, Huayna Capac császár és idősebb testvérük, Ninan Cuyochi halála után a birodalom kettéosztódott a két túlélő testvér, Huáscar és Atahualpa között. Huascar jelentős részét a fővárossal, Cusco-val, Atahualpával az északi részekkel, köztük Quitóval (ma Ecuador fővárosa) kapta. Néhány évig a két testvér gond nélkül uralkodott. De Huascar követelte, hogy Atahuallpa esküt tegyen neki. Atahuallpa visszautasította, és megkezdődött a polgárháború.,
Atahuallpa császár a cajamarcai csatában
a végső csata Quipaipanban zajlott, ahol Huascart elfogták. Atahuallpa az Andokban fekvő Cajamarca városában pihent 80 000 fős seregével dél felé és Cusco felé tartva, hogy elfoglalja trónját.
ekkorra a spanyol konkvisztádor, Francisco Pizarro megalapította Piura városát, az első spanyol települést Peruban 1532 júliusában., Két hónap után a március, Pizarro érkezett Cajamarca csak 168 férfiak a parancsnoksága alatt küldött Hernando de Soto, barát Vicente de Valverde, indián tolmács Felipillo beszélni Atahuallpa a spanyol jelenlét.
a spanyol követek visszatértek Pizarroba, aki meglepetésszerű támadást készített Atahuallpa hadserege ellen a Cajamarca-i csatában, 1532.November 16-án.
a spanyol törvények szerint a spanyolok hivatalosan hadat üzentek az Inka népnek., Amikor Atahuallpa hidegen megkérdezte Valverde papot, hogy milyen hatalommal mondhat ilyeneket a népével, Valverde Bibliát ajánlott neki, mondván, hogy a hatalom a benne szereplő szavakból származik. Megvizsgálta, majd megkérdezte, miért nem beszélt vele. Ezután a földre dobta. Ez megadta a spanyoloknak azt a kifogást, amelyre szükségük volt az inkák elleni háborúhoz. Tüzet nyitottak, 2 óra alatt több mint kétezer Inka katonát öltek meg. A spanyolok ezután bebörtönözték Atahuallpát a nap templomában.,
Tupac Amarut 1572-ben végrehajtó spanyolok, guaman Poma de Ayala
Atahuallpa még mindig nem tudta elhinni, hogy a spanyolok uralkodni akartak királysága felett. Úgy gondolta, ha odaadja nekik az aranyat és az ezüstöt, akkor távoznak. Szabadon bocsátásáért cserébe beleegyezett, hogy egy nagy szobát tölt be arannyal, és kétszer annyit ígért a spanyoloknak ezüstben., Bár megdöbbentette az ajánlat, Pizarro nem állt szándékában felszabadítani az Inkát, mert szüksége volt az uralkodó befolyására az őslakosok felett, hogy fenntartsa a rendet a környező országban.
de aztán Pizarro úgy döntött, hogy kivégzi, mert attól tartott, hogy egy inka tábornok felszabadíthatja. Pizarro színlelt perben találta bűnösnek Atahuallpát, amiért fellázadt a spanyolok ellen, és meggyilkolta Huászcart, a saját testvérét. Atahuallpát kivégzésre ítélték., Rémült volt, mivel az Inka úgy gondolta, hogy a lélek nem lesz képes a túlvilágra menni, ha a testet megégették. Vicente De Valverde szerzetes, aki korábban felajánlotta a Bibliát Atahuallpa-nak, ismét beavatkozott, mondván Atahuallpa-nak, hogy ha beleegyezik a kereszténységbe való áttérésbe, meggyőzi a többieket, hogy ingázzák a mondatot. Atahualpa beleegyezett, hogy keresztelkedik a keresztény hitbe. Juan Santos Atahualpa nevet kapta, majd egy garrote-val megfojtották, ahelyett, hogy megégették volna. Atahuallpa 1533.augusztus 29-én halt meg.,Atahuallpát testvére, az Inca Tupac Huallpa bábja, majd később egy másik testvér, Manco Inca Yupanqui követte.
