szerepe a megőrzésben és megőrzésben
már 1876-ban Muir sürgette a szövetségi kormányt, hogy fogadjon el erdővédelmi politikát. A földhasználatról szóló vita központi szereplőjévé vált, elsősorban olyan népszerű folyóiratokban megjelent cikkeken keresztül, mint az Atlantic Monthly, A Century magazin, valamint a Harper ‘s new Monthly Magazin (most Harper’ s Magazine). Bár kezdetben közös nevezőre jutott a Gifford Pinchot, az Egyesült Államok egyik úttörője által megfogalmazott erdővédelmi elképzelésekben., az erdészet és a természetvédelem, Muir nézetei végül eltértek egymástól. Míg Pinchot támogatta az erőforrások fenntartható felhasználását a nemzeti erdőkben, Muir úgy vélte, hogy a nemzeti parkokat és erdőket teljes egészében meg kell őrizni, ami azt jelenti, hogy erőforrásaikat az ipari érdekek határain kívül kell tartani. Bár a Sequoia és a Yosemite Nemzeti parkok 1890-ben jöttek létre, ami a környezetvédelem győzelmét jelentette, Pinchot erdészeti utilitarista megközelítése és Muir tartósítószer-megközelítése közötti vita messze nem ért véget.,
1892. május 28-án Muir megalapította a Sierra Klubot, amely a környezet védelmére szentelt szervezet. Első elnökeként szolgált, amelyet 1914-es haláláig tartott. A Sierra Club Bulletin, egy kiadvány a szervezet tagjai számára, létfontosságú kimenetet biztosított Muir számára, lehetővé téve számára, hogy írásával felhívja a figyelmet a környezeti kérdésekre.
Encyclopædia Britannica, Inc.
1897 elején Grover Cleveland Amerikai elnök 13 nemzeti erdőt jelölt ki a kereskedelmi hasznosításból való megőrzésre. Az üzleti érdekek azonban arra késztették a Kongresszust, hogy elhalassza az intézkedés hatását., Muir írásai végül befolyásosnak bizonyultak a közvéleményben, valamint a kongresszusi véleményben a nemzeti erdőfoglalások mellett. Muir befolyásolta a nagyszabású természetvédelmi programot, amelyet Theodore Roosevelt elnök kezdeményezett, aki 1903-ban Muir-t kísérte a Yosemite régióba. 1908-ban a kormány létrehozta a Muir Woods Nemzeti emlékművet a kaliforniai Marin megyében, 1964-ben pedig a kaliforniai Martinezben lévő otthonát nemzeti történelmi helynek nyilvánította., Muir munkája befolyásos volt a Mount Rainier Nemzeti Park (1899) létrehozásában Washington államban és a Grand Canyon Nemzeti Parkban (1919) Arizonában.
