1920-21 telén, amikor a szovjet kormány a háborúból a békeidőbe költözött, egyre inkább heves vita alakult ki a szakszervezetek szerepe felett. Abban a hitben, hogy a munkavállalóknak Nem kell félniük a kormánytól, Trotsky támogatta az állami ellenőrzést a szakszervezetek számára. Azzal érvelt, hogy ez a tisztviselők számára szigorúbb ellenőrzést biztosítana a munkaerő felett, és elősegítené a kormány és a proletariátus közötti nagyobb integrációt., Lenin bírálta Trockijt, azzal vádolva, hogy zaklatta a szakszervezeteket, és felhagyott a proletariátus támogatásával. A két fejlett és más tisztségviselő, köztük Sztálin József közötti ellentét kihasználta, Lenin mellé állt, hogy kegyelmet szerezzen. Ahogy Trockij beásta magát, és nem volt hajlandó módosítani álláspontját, úgy nőtt az ellentét, Lenin pedig attól tartott, hogy a konfliktus szétszakítja a pártot. Az 1921. márciusi tizedik pártkongresszuson tartott találkozón a kérdés akkor merült fel, amikor Trockij több támogatóját Lenin hadnagyai váltották fel., Trockij végre leesett az ellenzék pedig, hogy megmutassa, a hűséget, Lenin, elrendelte, az elnyomás, a Kronstadt Lázadás (egy felkelés, a tenger, de a munkások tüntettek keménykezű Bolsevik taktika). De a kár megtörtént, és Trockij elvesztette politikai befolyásának nagy részét a vita miatt.
1922-re a forradalom és a korábbi merényletkísérlet okozta sérülések Leninre nehezedtek. Májusban szenvedett először agyvérzést, és felmerült a kérdés, hogy ki lesz az utódja., Trockij katonai vezetőként és adminisztrátorként is kiemelkedő teljesítményt nyújtott, és a Kommunista Párt rangja és tagsága között egyértelmű választásnak tűnt. De sokakat megsértett a politikai hivatalban (a Kommunista Párt Végrehajtó Bizottsága), és a Politikai Hivatal tagjai, Sztálin vezetésével, egyesítették erőiket, hogy szembeszálljanak vele. Az előző hónapban Lenin kinevezte Sztálint a Központi Bizottság főtitkárának új posztjára. Bár abban az időben nem volt jelentős poszt, Sztálin irányította az összes párttag kinevezését., Gyorsan megszilárdította hatalmát, és szövetségeseket toborzott Trockij ellen.
1922 és 1924 között Lenin többször is megpróbálta ellensúlyozni Sztálin befolyásának egy részét és Trockij támogatását. Egy harmadik csapás azonban gyakorlatilag elnémította Lenint és Sztálint, teljesen kiszorította Trockijt a hatalomból. Lenin 1924.január 21-én halt meg, Trockijt pedig elszigetelte és egyedül hagyta Sztálin. Ettől kezdve Trockijt folyamatosan kiszorították a szovjet kormány fontos szerepeiből, és végül kiszorították az országból.,
1925 és 1928 között Trockijt fokozatosan kiszorították a hatalomból és befolyásából Sztálin és szövetségesei, akik hiteltelenítették Trockij szerepét az orosz forradalomban és katonai előéletében. 1927 októberében Trockijt kiutasították a központi Bizottságból, majd a következő januárban száműzték a távoli Alma-Ata-ba, amely a mai Kazahsztánban található. Nyilvánvaló, hogy ez nem volt elég Sztálin számára, így 1929 februárjában Trockijt teljes egészében a Szovjetunióból száműzték. A következő hét évben Törökországban, Franciaországban és Norvégiában élt, mielőtt Mexikóvárosba érkezett.,
Trockij tovább írta és kritizálta Sztálint és a szovjet kormányt. Az 1930-as években Sztálin politikai tisztogatásokat hajtott végre, és távollétében Trockijt nevezte meg a nép fő összeesküvőjének és ellenségének. 1936 augusztusában Trockij szövetségeseinek 16-át vádolták Trockij árulásában. Mind a 16-ot bűnösnek találták és kivégezték. Sztálin ezután Trockij meggyilkolására indult. 1937-ben Trockij Mexikóba költözött, végül Mexikóvárosban telepedett le, ahol továbbra is kritizálta a szovjet vezetést.
