Hatása rbST a tejhozam
2. Táblázat azt mutatja, hogy egy összefoglaló a tejhozam a rbST valamint a kontroll csoport kifejezve azt jelenti, valamint a szórást a tejtermelés (Kg / nap) minden kezelési ciklus valamint a termelési különbség a két csoportban (% extra tej által termelt rbST-csoport, összehasonlítva a kontroll állatok)., A 0. ciklustól a 3. ciklusig a tejtermelés mindkét csoportban növekszik, ami valószínűleg azt jelzi, hogy az állatok még nem érték el a laktáció csúcspontját. Bár az rbST első dózisát a partum után körülbelül 2 hónappal adták be, a gyártó ajánlása szerint fontos megjegyezni, hogy ez az ajánlás olyan matematikai modelleken alapul, amelyek a tejtermelési csúcsot a szülés utáni 60-90 napon belül találják meg., Ezek a modellek azonban csak elméleti megközelítések, és a tejcsúcson a tejben töltött napok (DIM) között nagy eltérések vannak a csordák és a tehenek között, többek között a jólét és a takarmányozás által kondicionáltak37. A ciklus 4. a vizsgálat végén, csökken a tejtermelés a kontroll tehenek lehet megpillantotta, míg a rbST-kezelt állatok úgy tűnt, hogy fenntartsák a termelés viszonylag állandó a 30-35 kg-átlagos tej / nap, amely az egyértelmű csökkenő tendencia csak akkor, ha a hormonális kezelés megállt (ciklusok 14, 15, 16)., Ezen a ponton a csoportok között megfigyelt termelési különbségek nagyon közel kerültek a 0. ciklusban megfigyelt szintekhez. Figyelemre méltó az a tény, hogy a tejtermelés szignifikánsan magasabb volt az rbST csoportban, mint a kontrollban az egész vizsgálat során, kivéve a 6.ciklus alatt, amikor ezek az állatok csak 5% – kal többet termeltek, mint a kontroll alanyok (2. táblázat). A gyártó által ajánlott kéthetente alkalmazott rbST-minta alapján a 70.napon a kezelt állatok csoportjának új adag rekombináns növekedési hormont kellett volna kapnia., Ezt az adagot azonban nem alkalmazták annak értékelése érdekében, hogy az rbST-csoport hormonális adagolás nélkül 28 nap elteltével vissza tudja-e állítani az adag előtti transzkripciós profilt (1.ábra). 1). Valószínűleg a hormonhiány miatt eltűntek a tejtermelésben a két csoport között fennálló statisztikailag szignifikáns különbségek, kiemelve az rbST tejtermelési arányokra gyakorolt hatását (2.táblázat). A 84. napon újra alkalmazták az rbST-et, és a tejtermelés jelentős különbségei a két csoport között újra megjelentek (24%)., A kezelt állatokban a kontroll tehenek tekintetében a legnagyobb, 43% – kal több tejet figyeltek meg a 12. ciklusban, mind az rbST miatt fenntartott termeléshez, mind a kontroll nőstények természetes csökkenő mintájához kapcsolódóan. Érdekes módon ezek a jelentős különbségek a vizsgálat végéig fennmaradtak, még majdnem két hónappal az utolsó adag beadása után (12.adag, 168. nap) (2. táblázat).
RNS izolálása a szarvasmarha-szomatikus sejtek
Msc könnyen gyűjteni forrása az RNS gén expressziós vizsgálatok, mint ezek a sejtek lehet különíteni a nyers tej következő nagyon egyszerű jegyzőkönyv. Emellett a mintavétel olcsó és nem invazív, mivel a tejet a fejőteremben az állattal való közvetlen érintkezés nélkül lehet összegyűjteni, ezért anélkül, hogy stresszt okozna, ami megváltoztathatja a kapott eredményeket. Ebben a vizsgálatban az rbST-kezelésnek nem volt jelentős hatása (P = 0.,099) az MSC−kből izolált RNS mennyiségére, amelynek átlagos koncentrációja 120,69 ± 68,31 µg mL-1 az rbST-csoport mintáiban, és 132,36 ± 68,86 µg mL-1 a kontrollcsoport mintáiban. Az átlagos A260 / 280 arányérték 1,766 ± 0,095 volt. Lehetséges, hogy egy centrifugális oszlopokkal végzett tisztítási lépés növelte az A260 / 280 arányt, ezért az RNS-minták tisztaságát. Bár ennek a lépésnek a felvétele növeli a minta árát a rutinelemzésben, lehetővé teszi a nagyobb tisztaságú minták megszerzését. Az elemzett minták esetében megfigyelt átlagos RIN-érték 6,88 ± 0 volt.,82 néhány tényező befolyásolhatja a minták integritását. A vizsgálatban használt minták a tejből izolált szarvasmarha-szomatikus sejtek voltak. A tejet egy komplex mikrobiota jellemzi, és az abból származó Rnázok felelősek lehetnek az alacsonyabb RNS-integritásért. Ezenkívül a tejben jelen lévő szomatikus sejtek egy része részben lebomlik. Ezeket a tényeket egy olyan tanulmányban is megfigyelték, amely szarvasmarha hüvelyi kenetet használt a transzkriptomikai vizsgálatokhoz azzal a céllal, hogy biomarkereket találjon az anabolikus szerek visszaélésének nyomon követésére38., A fejés, a tejgyűjtés és a laborba történő szállítás folyamata-annak ellenére, hogy a lehető leggyorsabban végzik-befolyásolhatja az RNS integritását.
az rbST hatása a szomatotrop tengely génekre
a vizsgálatban használt OpenArray® lemezek tervezéséhez 18 gént (1.táblázat) választottak ki. Ez a kiválasztás ezen gének azon potenciálján alapult, hogy olyan jellegzetes rbST transzkriptomikus aláírást kapjanak, amelyet standardként lehet használni az rbst ab(használatának) szabályozására tejelő szarvasmarhákban., Az rbST-tel végzett korábbi génexpressziós vizsgálatokat egyszeri és egyszeri mintavételi vizsgálatként tervezték a post mortem emlőszövetekben27 vagy többadagos (ötadagos) vizsgálatokban, vér-és izommintavételezéssel vivo31-ben. Ezeket a módszereket invazívnak, viszonylag drágának tekintik, és ezért a tejgazdaságokban ellenőrzési célokra nem kivitelezhetők. A szomatotropin esetében a kontrollt in vivo kell elvégezni, mivel a végső cél az, hogy elkerüljük az rbST-tej belépését a tejpiacra.,
ebben a vizsgálatban az IGF-1 expresszióját csak az RBST-vel kezelt tehén (7 tehén) összes mintapontján észlelték, és a kontrollcsoport MSCs-jében nem volt kimutatható. Az a tény, hogy az IGF-1 célt csak egy tehén összes mintapontján lehetett kimutatni, jelezheti az exogén rbST-re adott helyi emlőmirigy-válaszok létezését az egyének körében. A keringésben található legtöbb IGF-1 molekula nagy affinitással kötődik a hat ismert IGF-1 kötőfehérje (IGFBP-1–6) közül egy vagy többhez, amelyek modulálják az IGF-1 biohasznosulását a célszövetekben39., Korábbi vizsgálatok azt figyelték meg, hogy az RBST erősen befolyásolja az IGFBP-5 szabályozását a cattle31 vázizomzatában, és csökkenti az IGFBP-3 szabályozását az emlőszövetekben32. Ebben a vizsgálatban azonban sem az IGFBP-3, sem az IGFBP-5 átiratait nem észlelték bármikor. Ez az eredmény annak tudható be, hogy az MSC-K főként leukocitákból állnak40, amelyekben az IGFBP elnyomó hatása nem lehet olyan fontos, mint az emlőszövetekben. Ezért mind az IGF-1, mind az IGF-1 kötő fehérjéket a szomatikus sejtekben potenciális markerként dobják el ebben a vizsgálatban.,
a szomatotrop tengely másik kulcsfontosságú összetevője az IGF – 1 receptor (IGF-1R), amely az IGF-1 elsődleges jelátviteli receptora, amely biológiai hatásainak nagy részét közvetíti. Az 1. napon az rbST csoport (0, 348 ± 0, 131) szignifikánsan (P < 0, 001) magasabb relatív bősége volt az IGF-1R-nek, mint a kontrollcsoportnak (0, 0898 ± 0, 0486). Különböző vizsgálatok, amelyek az rbst koncentrációját értékelték a vérben a beadás után, megfigyelték,hogy a rekombináns hormon magasabb koncentrációját az rbST beadása után találták meg14, 15., Ezért a kezelt csoportban megfigyelt jelentős különbségek az IGF-1-re adott válaszként reagálhatnak a kezelt tehenekben az rbST magasabb koncentrációira az első adag beadása után. A Füge. 2, megfigyelhető, hogy az IGF-1R relatív bősége az rbST beadás két első ciklusában szintén szignifikánsan magasabb volt az rbST csoportban, mint a kontroll csoportban sok mintapontban. Érdekes módon a vizsgálat 84. napján az IGF-1R relatív bősége hasonló volt az rbST csoportban (0,070 ± 0,057) és a kontrollcsoportban (0,110 ± 0,030)., Ez a nap egybeesett az rbST hatodik adagjával, és e dózis és az ötödik adag között 14 nap helyett 28 nap volt a különbség. Ezért lehetséges, hogy az rbST csoport az IGF-1R fiziológiai szintjét több nap után helyreállította rbST nélkül, ami a down-szabályozás visszavonási hatásait is mutatja az IGF-1R transzkripcióra. Ezek az eredmények azt mutatják, hogy az IGF-1R lehetséges jó jelölt a génekbe való felvételre az rbST tejgazdaságokban történő felhasználásának kimutatására., Bár más szerzők nem találtak szignifikáns hatást az rbST-re az IGF-1R szintekre a csontváz izmokban31, ebben a vizsgálatban egyértelmű választ figyeltek meg ennek a receptor-átiratnak az MSC-kben. Ebben az értelemben, a leukociták, neutrofil granulociták, valamint monociták képes növekedési hormon pedig az IGF-1-express a receptorok, amelyek jelzik, hogy az IGF-1/IGF-1R jelátviteli utak lehet gyakorolni szabályozási funkciók az immunrendszer beleértve immun-sejt proliferation41,42. A két tanulmány közötti különbség az alkalmazott különböző mátrixoknak tudható be., Msc esetleg jobban reagálnak a magasabb szint a vérben keringő IGF-1 számának növelése receptorok ez a molekula a membrán
a Relatív abundancia az IGF-1R, valamint CCND-1 az első, mind a második ciklus rbST-adminisztráció kontroll csoport (N = 3), valamint a kezelt csoportban (N = 6). A nemparametrikus Mann-Whitney U tesztet a kezelt és a kontrollcsoport közötti egyes ciklusok tejhozamának összehasonlítására használták., A csillagok statisztikailag szignifikáns különbséget jelentenek a kezelt csoport és a kontrollcsoport között. *(p < 0.05), * * (p < 0.01), ***(p < 0.001).
az rbST immunrendszerrel összefüggő génekre gyakorolt hatása
tumor nekrózis faktor (TNF) és az interleukin-1β (IL-1β) két, az immunrendszerhez szorosan kapcsolódó citokin43., A TNF és az IL-1β transzkriptek viszonylagos bősége hasonló tendenciákat mutatott a vizsgálat során. Az rbST-kezelés a TNF és az IL-1β-átiratok relatív bőségének jelentős növekedését váltotta ki. Érdemes megemlíteni, hogy a 9., 23. és 35. napon a TNF és IL-1β relatív bősége szignifikánsan magasabb volt az rbST csoportban a kontrollcsoporthoz képest (1. ábra). 3). Ezek a napok megfelelnek az rbST ciklusok második hetének, körülbelül 7-9 nappal a Lactotropina ® injekció után., Ezért lehetséges, hogy az rbST által okozott transzkriptomikus változások ebben a két citokinben nyilvánvalóbbak az rbST ciklus második hetében. Érdekes módon a 84.napon (28 nappal az 5. rbST beadása után) nem volt szignifikáns különbség a csoportok között (ábra. 3). Ebben az összefüggésben más korábbi tanulmányok erőteljes transzkriptomikus technológiákat alkalmaztak az anabolikus szerek alkalmazásának kimutatására a cattle26-ban, 38., Ezek a vizsgálatok az IL-1β fokozott transzkripcióját is megfigyelték26, és ez nagyon érdekes, mivel az említett vizsgálat olyan vérsejteket használt, amelyek összetétele nagyon hasonlít az MSC-khez, mivel nagy a fehérvérsejtek aránya. A korábban említett vizsgálatok azonban nem találtak anabolikus szereket a TNF-re, míg a jelenlegi kutatás az rbST beadásának erős hatását találta a TNF relatív bőségére., E tekintetben beszámoltak arról, hogy az rbst laktáció alatt történő exogén alkalmazása fokozhatja a tehén immunválaszát44. Valójában a tejszomatikus sejtszám korábban és gyorsabban nőtt a coliforme mastitisben szenvedő teheneknél, amikor az rbST-t beadták45. A növekedési hormon és annak rekombináns változata azt mutatja, hogy képes a szarvasmarha laktáló emlőmirigy gyulladásos reakciójának és neutrofil védekezésének modulálására az egészségben és a beteg tehénben45. Ez magyarázhatja a TNF és az IL-1β rbst-vel kezelt tehenekben történő szabályozását.,
a transzkriptomikumok alkalmazásával végzett szűrővizsgálatokban nagyon nehéz olyan specifikus gént találni, amelyet nagyon megbízható génként lehet használni. Meg kell jegyezni,hogy mind az IL-1β, mind a TNF szabályozható más folyamatokban, mint szubklinikai mastitis46, 47. Különböző vizsgálatokat végzett az Egyesült Államokban figyelhető meg, hogy a nagy gazdaságok nagyobb valószínűséggel fogadja el rbST, ami arra utal, hogy nem csak potenciális farm-méret eleme rbST használni, a jövedelmezőség, hanem egy szolgáltató (életkor, oktatás) component48,49., A rekombináns szomatotropint gyakran jelentették menedzsment-intenzív technológiának, amely más,a nagyobb gazdaságokra jellemző termelékenységorientált technológiák és irányítási gyakorlatok alkalmazásához kapcsolódik, mivel kevésbé gyakoriak a grazers49, 50 körében. Ebben az értelemben a szubklinikai mastitis csökkenti a tejtermelést az érintett tehénekben51. Ezért érdekesnek kell lennie a transzkriptom vizsgálatok adatainak a tejtermelési adatokkal való kombinálása., Ezenkívül a feltételezett tehenek tej mikrobiológiai vizsgálata is kísérheti a szubklinikai mastitishez kapcsolódó fő kórokozók kimutatását. De ami valóban növeli a diszkrimináció lehetőségét, az több gén felvétele a panelbe.
Hatása rbST a sejtciklus, elterjedése, a differenciálás, a tapadás
Ez tudom, hogy rbST növeli a tej szintézis által növekszik a forgalom (proliferációs/apoptózis), valamint a tevékenység emlő hámsejtek, jelezve, hogy rbST befolyásolja az anyagcsere-folyamatokra, amelyek szabályozzák a cell turnover/ciklus metabolism52., A sejtciklust ciklinek és ciklinfüggő kinázok szabályozzák. Ezek közül a ciklin D (A CCND1 gén által endodált) az extracelluláris stimuláción keresztül koordinálja a sejtciklus előrehaladását (pl. növekedési faktor, tápanyag-rendelkezésre állás), és a G1-S fázis progresszióját hajtja végre, ami sejt mitózist eredményez. A legtöbb felnőtt sejt azonban nyugalmi állapotban, úgynevezett G0 fázisban, nyugalmi állapotban marad, és megfelelő mitogén stimuli53 hatására újra beléphet a sejtciklusba a G1 fázisban. Ebben a vizsgálatban megfigyelték, hogy az rbST kezelés erősen befolyásolja a CCND1 transzkripciót., Az rbST első adagja előtt nem volt szignifikáns különbség a kontroll-és az rbST-csoportok között (1.ábra). 3). Az első adag után azonban jelentős különbségeket lehetett megfigyelni a két csoport között különböző mintapontokon. A CCND1 relatív bősége szignifikánsan magasabb volt az rbST csoportban, mint a kontroll csoportban az rbST kezelés két első ciklusában (ábra. 2). Ez a hatás az rbST alkalmazása után 9 nappal különösen nyilvánvalónak tűnik, hasonlóan a TNF-hez és az IL-1β-átiratokhoz., Így a vizsgálat 9., 23. és 35. napján a CCND1 relatív bősége szignifikánsan magasabb volt az rbST csoportban, mint a kontrollcsoportban (1. ábra). 3). Végül, a 84. napon (28 nappal az 5. rbST beadása után)nem volt szignifikáns különbség a csoportok között (ábra. 3) mint a citokinek esetében. A mintavétel utolsó napján (219) (51 nappal az utolsó rbST adagok után) nem volt szignifikáns különbség (P > 0, 05) Az rbST csoport (0, 433 ± 0, 141) és a kontrollcsoport (0, 430 ± 0, 178) között., Ezért az rbst exogén alkalmazása a CCND1 túlzott expresszióját okozza. Ez a sejt aktiválódását eredményezheti a G0 fázisban, valamint az emlőszövet esetében a tejtermelés növekedése az emlőmirigy alveoláris sejtjeinek számának növelésével54.
a sejtciklushoz kapcsolódó egyéb gének a D52-szerű 2 tumorfehérje (tpd52l2) és a sirtuin 2 (SIRT2). A CCND1, TNF és IL-1β esetében megfigyelthez hasonló módon szignifikánsan magasabb (p < 0.001) sirt2 átiratok relatív bősége volt az rbST csoportban (1.,517 ± 0,199), mint a kontroll csoportban (0,506 ± 0,250) a vizsgálat 23. napján, de ebben az esetben csak az rbST beadás második ciklusa alatt (ábra. 4). A CDND1 és SIRT2 transzkriptek megnövekedett szintje a lactotropina® második beadása után a kezelt csoportban az exogén rbST sejtciklusra gyakorolt hatásának eredménye lehet. Ennek a peptidhormonnak a keringése a szervezetben a sejtciklus aktiválódását eredményezné a célsejtekben., A többi rbST-ciklusban azonban a dózis beadása és a sirt2-átiratok relatív bőségének változása közötti összefüggés nem volt olyan nyilvánvaló, mint a második adag esetében. A fentiek mellett figyelemre méltó, hogy a kezelt csoport szignifikánsan nagyobb relatív bőséget mutatott a TPD52L2 átiratok (P < 0.05) az első rbST beadását követő 4 napon belül. Egy másik komponens, amely a sejtek metabolizmusában releváns szerepet játszik a fordításban, az eukarióta nyúlás faktor 1 gamma (eef1g).,
egyes célgének relatív bőségének alakulása az rbST kezelt csoportban (N = 6) és a kontrollcsoportban (N = 3) végzett vizsgálat összes mintapontján.
ebben a tanulmányban az eef1g átiratok relatív bősége nem követte az rbST beadásával kapcsolatos nyilvánvaló tendenciát., Azonban a 17.és a 30. napon (a második és a harmadik rbST adagok után 3, illetve 2 nappal) az eef1g átiratok relatív bősége szignifikánsan magasabb volt az rbST csoportban. Egy korábbi tanulmány27 arra a következtetésre jutott, hogy az rbST kezelés növeli az eef1g transzkriptek szintjét az emlőszövetben, de csak egy mintapontot használt 6 nappal a szomatotropin beadása után. Ezért nem lehet közvetlenül összehasonlítani ezeket az eredményeket az ebben a tanulmányban kapott eredményekkel, amelyekben 36 mintapontot használtak a transzkriptom vizsgálatok során 8 hónap alatt., Egy másik gén, amely ebben a vizsgálatban szerepel, a tejzsír globule-EGF faktor 8 fehérje (MFGE8). A Füge. 4, lehetséges megfigyelni, hogy az mfge8 relatív bősége az rbST csoportban nagy változékonyságot mutatott a mintavételi napok között. Különösen, McCoard et al.27 megfigyelte, hogy 6 nappal az rbST beadása után az mfge8 relatív bősége a szarvasmarhák emlőszövetében magasabb volt. Azonban, amint azt korábban említettük, ez a vizsgálat egyetlen rbST adag után csak egy adatpontot tartalmazott., A jelenlegi hosszú távú, többadagos kísérlet kimutatta, hogy az rbST-tel kezelt szarvasmarhafélék transzkripciós mintái idővel nagy változékonysággal rendelkeznek. Például a CCND1-hez kapott adatok azt mutatták, hogy az rbST hatása egyes gének transzkripciójára nő a dózisok számával. Bár lehetséges, hogy az rbST befolyásolja az MFGE8 gén transzkripcióját, a kapott eredmények mind felfelé, mind lefelé irányultak., Ezért az mfge8 nem javasolható ideális jelöltként az rbst (ab)szarvasmarhákban történő alkalmazásának nyomon követésére, mivel transzkripciójában nem lehetett egyértelmű tendenciát megfigyelni. Egy másik gén, amely a vizsgálat során a sejtek tapadásához kapcsolódik, a katenin alfa-szerű 1 (CTNNAL1). Az rbST beadásának eredményeként azonban nem lehetett jelentős különbségeket találni a transzkripcióban.
más gének
a laktoferrin (LTF) a transzferrin családhoz tartozó vaskötő glikoprotein55., A 4. ábra az LTF gén relatív bőségének alakulását mutatja az ebben a vizsgálatban értékelt összes mintaponton. Bár az LTF szabályozását a cattle38-ban anabolikus anyagokkal végzett korábbi vizsgálatokban megfigyelték, az LTF-re vonatkozóan nem lehetett egyértelmű tendenciát megállapítani az rbST-kezeléssel kapcsolatban. Például a 9. és 53. napon az LTF relatív bősége jelentősen alacsonyabb az rbST-vel kezelt állatoknál. A 91. napon azonban a relatív bőség jelentősen magasabb volt ebben a csoportban. Meg kell vitatni a III α1 (COL3A1) típusú kollagén génre kapott eredményeket., Egy korábbi tanulmány arra a következtetésre jutott,hogy az rbst-kezelés tejelő szarvasmarhákban a COL3A1 gén szabályozását okozza az emlőszövetben az rbST beadása után 6 nappal27. A jelenlegi munkában azonban nem lehetett kimutatni a COL3A1 gén átiratait. Ebben a vizsgálatban az ESR2 transzkripciót sem észlelték.
A panel a gének monitor rbST (ab)használja a tejelő szarvasmarha
A végső cél ennek a munkának az volt, hogy javaslatot tegyen egy rutin panel a gének, amelyek együttes átírás minta lehetővé tenné, hogy a fejlesztés egy szűrési módszer, hogy ellenőrizzék a visszaélés rbST a tejtermelő gazdaságok keresztül Msc., Eltérően más korábbi tanulmányoktól27, 31, 32, Ez a munka az rbST-rel kapcsolatos gének átírási mintáit elemezte egy 8 hónapos valós állapotú kísérletben, beleértve az rbST beadásának 12 ciklusát és a kontrollállatokat. Ez a megközelítés lehetővé tette pontosabb adatok beszerzését annak érdekében, hogy különbséget lehessen tenni az rbST-vel kezelt tehenek és a kontroll tehenek között.
többváltozós statisztikai elemzést futtattak az MSCs transzkripciós minták módosításainak tisztázására az rbST beadás következtében., Ebből a célból csak az egész kísérlet során sikeresen mért kilenc gén átiratát használták (IGF1R, CCND1, TNF, IL1ß, SIRT2, EEFG1, MFEG8, LTF, TDP52L2), kivéve azokat a géneket, amelyek csak nagyon kevés esetben/mintában fejeződtek ki. A PCA elemzés fő célja az adatok globális mintáinak azonosítása, a különböző változók közötti korreláció kimutatása, azaz ebben az esetben a különböző gének átírása., Vetítés a minták az új multidimenzionális térben a fő alkotórészek (Db) potenciálisan lehetővé közötti megkülönböztetést rbST valamint a kontroll csoport, kiemelve is azok a gének nagyobb képesség, mint biomarkerek a kezelés. A pontszám telek a PCA elemzés ábrán látható. (5) az MSC-minták két csoportjába csoportosítási tendenciát lehetett látni, az rbST-vel kezelt állatokat vörös köröknek, a kontrollállatokat fekete dobozként azonosították, és a kísérleti nap szerint címkézték., Különböző mintákat rbST csoport megjelent keverve irányítja, a bal oldalon a telek, de érdekes módon elég, a többségük felel meg egy nap a szomatotropin-adminisztráció (nap 14, 28, 57, vagy 84) vagy, hogy az első 2-3 nap után egy adag (nap 2, 3, 17, 44, illetve a 115.), amelyben egy nyilvánvaló transcriptomic zavar nem volt kimutatható. Éppen ellenkezőleg, nagyon kevés kontrollállatot lehetne kezelni a PCA-n, helyzetüket pedig szélsőséges értékek magyarázzák, különösen a rosszul diszkriminatív gének, például az LTF, az MFGE8 vagy a SIRT2.,
PCA telken épült teljes transzkriptomikus profilok tej szomatikus sejtek (MSCs), amelyben a megkülönböztetés tehenek között kezelt rbst (N = 6, piros körök) és a kontrollállatok (n = 3; fekete dobozok) bepillantást nyerhetnek. Az MSC-mintákat a kísérlet napja szerint címkézik, mivel 0. nap az első rbST-dózis napja a kezelt állatokban.,
a transzkriptomikus profilokat OPL-DA-nak is alávetették, amelyből potenciális diszkriminatív géneket is rámutattak. A Füge. 6a, a többváltozós modell vizuális ábrázolása látható, a kontrollállatok MSC-mintái fekete négyzetekként, az rbST csoport mintái vörös körökként ábrázolva. A PCA-hoz hasonló módon több rbST mintát vetítenek ki az ellipszis bal oldalán lévő kontrollminták között., Ezeket a mintákat azonban akkor gyűjtötték össze, amikor az rbST által okozott transzkriptomi zavar eltűnt (vagy még nem jelent meg), tehát szigorúan, az adott pillanatban kontrollként lehet besorolni őket. Ezzel szemben nagyon kevés ellenőrzési mintát tévesen osztályoztak rbST-ként. Ha nincs tesztkészlet, mint ebben az esetben, a kereszt-validációs módszer a modell minőségének értékelésének fő stratégiája. A keresztellenőrzési eljárás eredményeit a különböző minőségi paraméterek értéke foglalja össze., Ebben a vizsgálatban az OPLS többváltozós modell a következő jellemzőket mutatta: R2(X) = 0,6, R2(Y) = 0,4 és Q2 = 0,3. A modell az x-tér változásának 60%-át, az y-tér változásának 40% – át magyarázza, a jóslás jósága pedig 30%. Ezek az értékek az adatok modell szerinti viszonylag jó leírását és az átlagos kiszámíthatóságot34 jelzik. A CV-ANOVA-ból kiszámított p-érték 3,01 × 10-7 volt, ami arra utal, hogy jelentős különbségek vannak a modell két osztálya között., Nem szabad figyelmen kívül hagyni azt a tényt, hogy ezt a modellt különböző megkülönböztető képességű gének paneljével építették, mivel ez befolyásolja az OPL-ek diszkrimináló erejét. Különben is, azok a kísérleti napok, amelyek nagyon kevés vagy semmilyen rbST-hatással vannak az átirataikra, határozottan torzítják a modellt, mivel a gyakorlatban az egyik csoporthoz tartoznak, de a másikhoz hasonlóan járnak el., A jövőben többváltozós szűrési modell, egy panelt a kiválasztott erősen diszkriminatív gének kell használni, lehetőleg, “ismert”, illetve “ismeretlen” minták várható a többváltozós modell tartozik, hogy hasonló populációk (életkor, fajta, stb.) és a laktációs pillanatok, az egyes állatok közötti variabilitás leküzdésének kísérletében35. Az ilyen megközelítésekben az is fontos, hogy a prediktív populáció nagyobb legyen, mint az előrejelzett minták. Végül az OPLS-DA diszkriminációjának okait a megfelelő S-plotban vizsgálták (ábra., 6b), amely feltárta az egyes változók (gén transzkripció) hozzájárulását a két mintaosztály elválasztásához. Amint azt az előző részekben megjegyeztük, az MSC-ben a legkülönbözőbb transzkripciót a CCND1, az IGF-1R, a TNF és az IL-1β génekben találtuk. Egyértelműnek tűnik, hogy az rbST-kezelések e gének szabályozását váltják ki, és a jövőbeni monitoringpanelek használata ígéretes lehetőség a tejipari rutinellenőrzésre.,
OPLS-DA scatter plot (a) épített a trasncriptomic profilok a tej szomatikus sejtek, mutató közötti megkülönböztetés kontroll (N = 3; fekete körök), valamint rbST (N = 6; piros pontok) állatok, címkézett szerint a kísérleti nap (az, hogy nap 0 nap 1 adag rbST-csoport). S-plot (b) társított OPLS diszkrimináns elemzés, kiemelve a gének által jobban érintett rbST a jobb felső sarokban a telek, ezért a magasabb diszkriminatív teljesítmény.,
mint az rbST ezen génpanellel történő tiltott felhasználásának kimutatására szolgáló rutinellenőrzésben, nem lenne információ arról, hogy mikor kezelték a teheneket (más szavakkal, ez egy vak vizsgálat), ideális esetben a szoptatás alatt minden nap mintát kell venni/ellenőrizni. Gyakorlati szempontból azonban ez a javaslat kissé irreálisnak tűnik. A javasolt egy véletlenszerű tejgyűjtés hetente egyszer, váltakozó heti napokon., Mivel a szomatotropint rendszeresen alkalmazzák a laktáció alatt (a szülés utáni 80-100 naptól kezdve, kéthetente), a gazdaság minden laktáló tehenében, jó mintavételi tervvel, egy bizonyos ponton rbST-t kell kimutatni a gazdaságban. Az összegyűjtött mintákból nyert transzkriptomi adatokat össze kell hasonlítani egy kontrollpopuláció transzkriptomi adatkészletével. Azokat a mintákat, amelyek az ebben a tanulmányban javasolt magasabb génértékeket mutatták be, gyanúsnak kell tekinteni. A második lépés az egyes” pozitív ” tehén (mastitis, terhesség stb.,), és ha szükséges, folytassa a megerősítő elemzést. Fontos kiemelni a valós idejű PCR-megközelítés nagy átviteli kapacitását is, ami megvalósíthatóvá teszi a mintavételi tervet.
