Bătălie de la Manassas
În iulie 1861 la invazia din Virginia de către Federal trupele armatei a început, și Jackson brigada lui s-a mutat cu altele de Johnston armata lui să se unească cu Generalul P. G. T. Beauregard pe teren de la Bull Run în timp pentru a satisface avans General de Irvin McDowell armata Federală. Aici și-a staționat brigada într-o linie puternică, reținând inamicul împotriva unor cote copleșitoare și câștigând sobriquetul „Stonewall.,”Primăvara anului 1862 l-a găsit pe Jackson din nou în Valea Shenandoah, unde tactica sa diversionistă a împiedicat trimiterea de întăriri generalului armatei federale George B. McClellan, care ducea campania peninsulară împotriva Richmond, capitala confederată. Strategia lui Jackson a reprezentat, probabil, victoria lui Lee mai târziu în bătăliile de șapte zile. Lee, pe atunci consilier militar principal al Președintelui confederat Jefferson Davis, i-a sugerat lui Jackson să-și folosească trupele pentru a ataca trupele federale din vale și astfel să amenințe Washingtonul., Prin mișcare rapidă, Jackson a închis separat cu mai multe unități federale și le-a învins. În aprilie a lovit în munții din Virginia de Vest; apoi, pe 24-25 mai, s-a întors pe Generalul Nathaniel P. Banks și l-a alungat din Winchester și înapoi la râul Potomac.
apoi, repede, și-a îndreptat atenția spre capătul sudic al văii, învingându-Federalii de la Cross Keys, Virginia, pe 8 iunie, și la Port Republica pe a doua zi. Lee a adus apoi trupele lui Jackson pe șosea și pe calea ferată la Richmond pentru a învălui aripa dreaptă a armatei lui McClellan., Dar Jackson a sosit cu o zi întârziere, iar reputația sa și-a pierdut o parte din luciu, posibil din cauza lipsei sale de experiență în acțiuni la scară largă; cu toate acestea, McClellan a fost bătut și i s-a ordonat să evacueze peninsula.Lee s-a alăturat imediat lui Jackson împotriva regrupării forțelor federale sub conducerea generalului John Pope. El l-a trimis pe Jackson, printr-o mișcare largă de încercuire, să atace partea din spate a forțelor lui Pope și să aducă a doua bătălie de la Bull Run, în care Papa a fost bătut bine. Lee a trecut apoi Potomac pentru „eliberarea” din Maryland., Pentru a-l proteja pe Richmond, Lee l-a detașat pe Jackson pentru a-l captura pe Harpers Ferry, lucru pe care l-a făcut la timp (13-15 septembrie) pentru a-l reîntoarce pe Lee la Antietam. După întoarcerea sa în Virginia, Lee și-a împărțit armata în două corpuri, generalul James Longstreet comandând primul și Jackson, acum general locotenent, al doilea. La Fredericksburg, Virginia, în decembrie, Jackson a fost la comanda Confederației chiar atunci când atacul erupt al generalului Federal Ambrose E. Burnside a fost respins cu ușurință și a fost învins zdrobitor.,în aprilie, generalul Joseph Hooker, succesorul lui Burnside, a încercat să transforme poziția confederată pe râul Rappahannock, la sud de Washington. Acolo, echipa aparent invincibilă a lui Lee și Jackson a făcut cea mai îndrăzneață mișcare. Lăsând un mic detașament pentru a întâlni trupele federale pe Rappahannock, Lee și-a mutat corpul principal, inclusiv corpul lui Jackson, pentru a întâlni învăluirea amenințată a lui Hooker în pădurea Chancellorsville., Apoi și-a împărțit armata din nou, păstrând doar 10.000 de oameni pentru a demonstra împotriva Frontului lui Hooker, și l-a trimis pe Jackson să se deplaseze în secret prin dreapta lui Hooker cu întregul său corp.