Rolle i bevaring og konservering
så tidlig Som i 1876, Muir oppfordret den føderale regjeringen til å vedta en bevaring av skog og politikk. Han ble en sentral figur i debatten om arealbruk, taler på vegne av landet bevaring først og fremst gjennom artikler publisert i populære tidsskrifter, for eksempel Atlantic Monthly, The Century Magazine, og Harper ‘s Nye Månedlige Magasinet (nå Harper’ s Magazine). Selv om utgangspunktet å finne en felles plattform i ideer av skog beskyttelse fremsatt av Gifford Pinchot, en pioner i USA, skogbruk og bevaring, Muir er utsikt til slutt skilte seg. Mens Pinchot støttes bærekraftig bruk av ressursene innenfor nasjonale skoger, Muir mente at nasjonalparker og skog bør bevares i sin helhet, noe som betyr at deres ressurser må gjøres off-limits til industrielle interesser. Selv om Sequoia og Yosemite national parks ble etablert i 1890, noe som representerer en seier for miljø, debatten mellom Pinchot er utilitaristisk tilnærming til skog og Muir er preservationist tilnærming var langt fra over.,
På Mai 28, 1892, Muir grunnlagt Sierra Club, en organisasjon viet til å beskytte miljøet. Han fungerte som dens første president, en stilling han innehadde til sin død i 1914. Sierra Club Bulletin, en publikasjon for organisasjonens medlemmer, forutsatt en viktig salgskanal for Muir, som gjør ham gjennom hans forkjærlighet for å øke bevisstheten rundt miljøspørsmål.
Tidlig i 1897, og USAS President Grover Cleveland utpekt 13 nasjonale skoger for å bli bevart fra kommersiell utnyttelse. Imidlertid, næringsinteresser indusert Kongressen til å utsette effekten av dette tiltaket., Muir ‘ brev til slutt viste seg innflytelsesrike i svingende offentlige mening, så vel som kongressens uttalelse i favør av national forest reservasjoner. Muir påvirket i stor skala bevaring program som ble startet av President Theodore Roosevelt, som i 1903 ledsaget Muir på en camping tur til Yosemite regionen. I 1908 regjeringen etablert Muir Woods National Monument i Marin county, California, og i 1964 utpekt sitt hjem i Martinez, California, som et national historic site., Muir ‘ s arbeid var også en pådriver i etableringen av Mount Rainier nasjonalpark (1899) i Washington state og Grand Canyon National Park (1919) i Arizona.