Kamp av Manassas
I juli 1861 invasjonen av Virginia av Føderale hæren soldater begynte, og Jackson ‘s brigade flyttet med andre av Johnston’ s hær for å forene med den Generelle P. G. T. Beauregard på feltet av Bull Run i tide til å møte forkant av Generelle Irvin McDowell ‘ s Føderale hæren. Det var her at han stasjonert hans brigade i en sterk linje, holde fienden mot overveldende odds og fått tilnavnet «Stonewall.,»Våren 1862 funnet Jackson igjen i Shenandoah Valley, hvor hans diversionary taktikk forhindret forsterkninger blir sendt til Føderale hæren, general George B. McClellan, som var med å føre den peninsular kampanje mot Richmond, Confederate hovedstaden. Jackson ‘s strategi muligens sto for Lee’ s victory senere i Syv Dagers Kamper. Lee, deretter sjef militær rådgiver til Konføderasjonens president, Jefferson Davis, foreslått å Jackson at han bruker sine tropper til å angripe Føderale tropper i dalen og dermed true Washington., Ved rask bevegelse, som Jackson lukket separat med flere Føderale enheter og beseiret dem. I April slo han i fjellene i vest-Virginia; deretter på 24-25 Mai snudde han seg på Generelle Nathaniel P. Banker og drev ham ut av Winchester og tilbake til Potomac-Elven.
Han så raskt vendte sin oppmerksomhet til den sørlige enden av dalen, bekjempe Federals i Cross Keys, Virginia, juni 8, og i Port Republic på neste dag. Lee deretter brakt Jackson ‘ s tropper på vei og jernbane for å Richmond til å hylle den høyre fløyen av mcclellans hær., Men Jackson kom en dag for sent, og hans rykte mistet noe av sin glans, muligens på grunn av hans manglende erfaring i stor skala handling, men McClellan ble slått tilbake, og ble beordret til å evakuere halvøya.
Lee på en gang sluttet Jackson mot de Føderale styrkene omgruppering under General John Pope. Han sendte Jackson, med et bredt omkringsittende bevegelse, for å angripe den bakre del av Pavens kreftene og bringe på det Andre Slaget ved Bull Run, der Paven var godt slått. Lee neste krysset Potomac for «frigjøring» av Maryland., For å beskytte Richmond, Lee enebolig Jackson til å ta Harpers Ferry, som han gjorde i tiden (September 13-15) for å bli Lee ved Antietam. Etter at han kom tilbake til Virginia, Lee delte hæren sin inn i to korps, General James Longstreet var sjef for den første og Jackson, nå en løytnant general, den andre. I Fredericksburg, Virginia, i desember, Jackson var i kommando av den Konfødererte høyre når Føderale generelle E. Ambrose Burnside er utslett angrep ble lett slått tilbake, og han ble crushingly beseiret.,
I April, General Joseph Hooker, Burnside etterfølger, forsøkte å slå den Konfødererte posisjon på Rappahannock-Elva, sør for Washington. Det tilsynelatende uovervinnelig team av Lee og Jackson gjorde sitt dristigste flytte. Å forlate en liten avdeling å møte Føderale tropper på Rappahannock, Lee flyttet sin viktigste kroppen, inkludert Jackson korps, for å møte Hooker er truet envelopment i skogen ved Chancellorsville., Han delte sin hær igjen, holde kun 10.000 mennesker til å demonstrere mot Hooker ‘s front, og han sendte Jackson til å flytte hemmelighet rundt Hooker’ s høyre med hele hans korps.