på döden av sin far, kejsaren Huayna Capac, och deras äldre bror, Ninan Cuyochi, som hade varit arvtagare, riket delades mellan de två överlevande bröderna, Huáscar och Atahualpa. Huascar fick större delen av det med huvudstaden Cusco, och Atahualpa de norra delarna, inklusive Quito (nu huvudstad i Ecuador). I några år regerade de två bröderna utan problem. Men Huascar krävde att Atahuallpa svär en ed till honom. Atahuallpa vägrade, och inbördeskriget började.,
kejsare Atahuallpa under slaget vid Cajamarca
den sista striden ägde rum vid Quipaipan, där Huascar fångades. Atahuallpa vilade i staden Cajamarca i Anderna med sin armé av 80.000 trupper på väg till söder och Cusco för att hävda sin tron.
vid denna tid hade den spanska conquistadoren Francisco Pizarro etablerat staden Piura, den första spanska bosättningen i Peru i Juli 1532., Efter två månader på mars, Pizarro hade kommit till Cajamarca med bara 168 män under hans befäl och skickas Hernando de Soto, broder Vicente de Valverde och infödda tolk Felipillo att tala med Atahuallpa om den spanska närvaron.
de spanska sändebuden återvände till Pizarro, som förberedde en överraskningsattack mot Atahuallpas armé i det som blev slaget vid Cajamarca den 16 November 1532.
enligt spansk lag förklarade spanska officiellt krig mot Inkafolket., När Atahuallpa kallt frågade prästen Valverde med vilken myndighet han och hans folk kunde säga sådana saker, erbjöd Valverde honom en bibel och sa att myndigheten kom från orden i den. Han undersökte det och frågade sedan varför det inte talade med honom. Han kastade den sedan till marken. Det gav spanjorerna den ursäkt de behövde för att föra krig mot inkas. De öppnade eld, och under 2 timmar dödades mer än två tusen Inka soldater. Spanjorerna fängslade sedan Atahuallpa i Solens tempel.,
spanjorer som utförde Tupac Amaru 1572, ritade av Guaman Poma de Ayala
Atahuallpa kunde fortfarande inte tro att spanjorerna hade för avsikt att ta kontroll över sitt rike. Han trodde att om han gav dem guld och silver de sökte de skulle lämna. I utbyte mot hans frigivning gick han med på att fylla ett stort rum med guld och lovade spanska dubbelt så mycket i silver., Trots att han blev bedövad av erbjudandet hade Pizarro ingen avsikt att släppa Inka eftersom han behövde linjalens inflytande över det inhemska folket för att upprätthålla ordningen i det omgivande landet.
men sedan bestämde Pizarro sig för att få honom avrättad eftersom han fruktade att han kunde befrias av en Inka General. Pizarro iscensatte en mock rättegång och fann Atahuallpa skyldig till uppror mot den spanska och mörda Huáscar, sin egen bror. Atahuallpa dömdes till avrättning genom bränning., Han var förskräckt, eftersom Inka trodde att själen inte skulle kunna gå vidare till efterlivet om kroppen brändes. Friar Vicente de Valverde, som tidigare hade erbjudit Bibeln till Atahuallpa, ingrep igen och berättade för Atahuallpa att om han gick med på att konvertera till kristendomen skulle han övertyga resten att pendla meningen. Atahualpa gick med på att döpas i den kristna tron. Han fick namnet Juan Santos Atahualpa och blev sedan strypt med en garrote istället för att brännas. Atahuallpa dog den 29 augusti, 1533.,Atahuallpa efterträddes av sin bror, marionett Inca Tupac Huallpa, och senare av en annan bror Manco Inca Yupanqui.
