roll i bevarande och bevarande
så tidigt som 1876 uppmanade Muir den federala regeringen att anta en skogsskyddspolitik. Han blev en central figur i debatten om markanvändning och förespråkade på uppdrag av markbevarande främst genom artiklar publicerade i populära tidskrifter, som Atlantic Monthly, the Century Magazine och Harper ’s New Monthly Magazine (nu Harper’ s Magazine). Även om initialt hitta en gemensam grund i idéerna om skogsskydd som lagts fram av Gifford Pinchot, en pionjär i USA., skogsbruk och bevarande, Muir åsikter i slutändan avvikit. Pinchot stödde en hållbar resursanvändning i de nationella skogarna, men Muir ansåg att nationalparker och skogar borde bevaras i sin helhet, vilket innebär att deras resurser bör begränsas till industriella intressen. Även om Sequoia och Yosemite nationalparker grundades 1890, som representerar en seger för miljöskydd, var debatten mellan Pinchots utilitaristiska inställning till skogsbruk och Muirs bevarandeinriktning långt ifrån över.,
den 28 maj 1892 grundade Muir Sierra Club, en organisation som ägnade sig åt att skydda miljön. Han tjänstgjorde som sin första president, en position han höll fram till sin död 1914. Sierra Club Bulletin, en publikation för organisationens medlemmar, gav ett viktigt utlopp för Muir, vilket gjorde det möjligt för honom genom sitt skrivande att öka medvetenheten om miljöfrågor.
tidigt 1897 utsåg USA: s President Grover Cleveland 13 nationella skogar som ska bevaras från kommersiellt utnyttjande. Affärsintressen fick Kongressen att skjuta upp effekten av denna åtgärd., Muirs skrifter visade sig i slutändan vara inflytelserika i den svängande allmänna opinionen samt kongressens åsikt till förmån för nationella skogsbokningar. Muir påverkade det storskaliga bevarandeprogrammet som initierades av President Theodore Roosevelt, som 1903 följde Muir på en campingresa till Yosemite-regionen. År 1908 etablerade regeringen Muir Woods National Monument i Marin county, Kalifornien, och 1964 utsåg det sitt hem i Martinez, Kalifornien, som en nationell historisk plats., Muirs arbete var också inflytelserikt i inrättandet av Mount Rainier National Park (1899) i Washington state och Grand Canyon National Park (1919) i Arizona.