Bataille de Manassas
en juillet 1861, l’invasion de la Virginie par les troupes de L’armée fédérale commença, et la brigade de Jackson se déplaça avec d’autres membres de L’armée de Johnston pour s’unir au général P. G. T. Beauregard sur le champ de Bull Run à temps pour faire face à l’avance de L’armée fédérale du Général Irvin McDowell. C’est ici qu’il a stationné sa brigade en ligne forte, retenant l’ennemi contre toute attente et gagnant le sobriquet « Stonewall., »Le printemps de 1862 retrouva Jackson dans la vallée de la Shenandoah, où ses tactiques de diversion empêchèrent l’envoi de renforts au général de L’armée fédérale George B. McClellan, qui menait la campagne péninsulaire contre Richmond, la capitale confédérée. La stratégie de Jackson explique peut-être la victoire de Lee plus tard dans les batailles de sept jours. Lee, alors conseiller militaire en chef du président confédéré Jefferson Davis, suggéra à Jackson d’utiliser ses troupes pour attaquer les troupes fédérales dans la vallée et ainsi menacer Washington., Par un mouvement rapide, Jackson a fermé séparément avec plusieurs unités fédérales et les a vaincues. En Avril, Il frappa dans les montagnes de L’ouest de la Virginie; puis, les 24 et 25 mai, il se retourna contre le général Nathaniel P. Banks et le chassa de Winchester et retourna à la rivière Potomac.
Il tourna rapidement son attention vers l’extrémité sud de la vallée, battant les fédéraux à Cross Keys, en Virginie, le 8 juin, et à Port Republic le lendemain. Lee amena ensuite les troupes de Jackson par la route et le chemin de fer jusqu’à Richmond pour envelopper l’aile droite de L’armée de McClellan., Mais Jackson arriva avec un jour de retard, et sa réputation perdit de son lustre, peut-être à cause de son manque d’expérience dans l’action à grande échelle; néanmoins, McClellan fut battu et reçut l’ordre d’évacuer la péninsule.
Lee rejoint immédiatement Jackson contre les forces fédérales qui se regroupent sous les ordres du Général John Pope. Il envoya Jackson, par un large mouvement d’encerclement, attaquer l’arrière des forces de Pope et déclencher la deuxième bataille de Bull Run, au cours de laquelle Pope fut solidement battu. Lee traversa ensuite le Potomac pour la « libération » du Maryland., Pour protéger Richmond, Lee détacha Jackson pour capturer Harpers Ferry, Ce qu’il fit à temps (13-15 septembre) pour rejoindre Lee à Antietam. Après son retour en Virginie, Lee divise son armée en deux corps, le général James Longstreet commandant le premier et Jackson, maintenant lieutenant général, le second. À Fredericksburg, en Virginie, en décembre, Jackson était aux commandes de la droite confédérée lorsque L’attaque téméraire du général fédéral Ambrose E. Burnside a été facilement repoussée et il a été écrasé.,
en avril, le général Joseph Hooker, successeur de Burnside, tenta de transformer la position confédérée sur la rivière Rappahannock, au sud de Washington. Là, L’équipe apparemment invincible de Lee et Jackson a fait son geste le plus audacieux. Laissant un petit détachement pour rencontrer les troupes fédérales sur le Rappahannock, Lee déplaça son corps principal, y compris le corps de Jackson, pour répondre à L’enveloppement menacé de Hooker dans les bois de Chancellorsville., Il divisa ensuite à nouveau son armée, ne gardant que 10 000 hommes pour manifester contre le front de Hooker, et il envoya Jackson se déplacer secrètement autour de la droite de Hooker avec tout son corps.