Batalha de Manassas
Em julho de 1861 a invasão da Virgínia Federal tropas do exército começaram, e Jackson brigada mudou-se com outros de Johnston exército para se unir com o General P. G. T. Beauregard no campo de Bull Run em tempo para atender o avanço da Geral Irvin McDowell do exército Federal. Foi aqui que ele posicionou sua brigada em uma linha forte, retendo o inimigo contra probabilidades avassaladoras e ganhando o sobriquet “Stonewall”., A primavera de 1862 encontrou Jackson novamente no Vale de Shenandoah, onde suas táticas de diversão impediram que reforços fossem enviados para o general do Exército Federal George B. McClellan, que estava travando a campanha peninsular contra Richmond, a capital confederada. A estratégia de Jackson possivelmente explica a vitória de Lee mais tarde nas batalhas dos Sete Dias. Lee, então conselheiro militar chefe do presidente confederado Jefferson Davis, sugeriu a Jackson que ele usasse suas tropas para atacar as tropas federais no vale e assim ameaçar Washington., Por movimento rápido, Jackson fechou separadamente com várias unidades federais e os derrotou. Em abril, ele atacou nas montanhas da Virgínia Ocidental; em 24-25 de maio, ele virou-se contra o General Nathaniel P. Banks e o expulsou de Winchester e voltou para o Rio Potomac.
ele então rapidamente virou sua atenção para o extremo sul do Vale, derrotando os federais em Cross Keys, Virgínia, em 8 de junho, e em Port Republic no dia seguinte. Lee então trouxe as tropas de Jackson por estrada e caminho de ferro para Richmond para envolver a ala direita do exército de McClellan., Mas Jackson chegou um dia atrasado, e sua reputação perdeu algum do seu brilho, possivelmente por causa de sua falta de experiência em ação em grande escala; no entanto, McClellan foi derrotado e foi ordenado a evacuar a península.Lee juntou-se imediatamente a Jackson contra as forças federais reagrupando-se sob o comando do General John Pope. Ele enviou Jackson, por um amplo movimento de cerco, para atacar a retaguarda das forças de Pope e trazer a Segunda Batalha de Bull Run, na qual Pope foi derrotado. Em seguida, Lee cruzou o Potomac para a “libertação” de Maryland., Para proteger Richmond, Lee separou Jackson para capturar Harpers Ferry, o que ele fez a tempo (13-15 de setembro) para se juntar a Lee em Antietam. Após seu retorno à Virgínia, Lee dividiu seu exército em dois corpos, o General James Longstreet comandando o primeiro e Jackson, agora um tenente-general, o segundo. Em Fredericksburg, Virgínia, em dezembro, Jackson estava no comando da direita confederada quando o ataque do General Federal Ambrose E. Burnside foi facilmente repelido e ele foi esmagadoramente derrotado.,em abril, o General Joseph Hooker, sucessor de Burnside, tentou virar a posição confederada no Rio Rappahannock, ao sul de Washington. Lá, a equipe aparentemente invencível de Lee e Jackson fez a sua jogada mais ousada. Deixando um pequeno destacamento para se encontrar com tropas federais em Rappahannock, Lee moveu seu corpo principal, incluindo o corpo de Jackson, para encontrar o envolvimento ameaçado de Hooker na floresta de Chancellorsville., Ele então dividiu seu exército novamente, mantendo apenas 10.000 homens para se manifestar contra a frente de Hooker, e ele enviou Jackson para se mover secretamente em torno do direito de Hooker com seu corpo inteiro.